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线上讲座 | 剑桥晶体结构数据中心CCDC系列在线讲座

时间: 2024年07月18日(周四) ; 2024年07月25日(周四) ; 2024年08月01日(周四)

剑桥结构数据库(CSD)由剑桥晶体数据中心(CCDC)维护,是全球最大的小分子晶体结构数据库,包含近129万个结构。CSD不仅是数据存储的宝库,更是开发新药、农用化学品和新型功能材料的重要数据源。
为了更好地利用这一庞大资源,CCDC提供了一系列先进的软件工具,包括CSD-CrossMiner、GOLD和Mogul。这些工具结合了丰富的CSD晶体数据,帮助科学家们更好地理解分子间的相互作用,支持药物分子的优化和新药的开发。

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一、药效团导向的结构数据库探索:CSD-CrossMiner在现代药物发现中的创新应用

时间:7月18日(周四)下午15:00-16:20

药效团是药物分子中与生物靶点发生特定相互作用的化学特征,构建药效团模型是计算药物设计的一种重要方法。CSD-CrossMiner是一款基于药效团搜索数据库的创新工具,能够在CSD和PDB中高效搜索匹配的结构。通过CSD-CrossMiner,研究人员可以交互式地构建和修改药效团特征,识别关键的分子骨架和相互作用模式,从而加速新药的发现和优化。

讲座内容:

在本次讲座中,我们将详尽介绍CSD-CrossMiner的工作原理和独特特点,并详细解释各种药效团特征及其在药物设计中的应用。

此外,我们将通过实际案例展示CSD-CrossMiner在不同研究场景下的多功能性,特别是在骨架跃迁和反向寻靶的应用。通过操作演示,您将直观体验该软件的高级功能,学习如何有效地构建药效团,优化您的分子设计。

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二、揭秘金属离子与大环分子:通过GOLD软件进行精准对接

时间:7月25日(周四)下午15:00-16:20 

金属离子和大环分子在药物研发项目中非常常见,但其复杂的结构和相互作用模式对分子对接提出了更高的要求。GOLD是CCDC开发的一款专业软件,为蛋白质-配体对接提供了完整的解决方案。依托于CCDC丰富的晶体数据,GOLD在生成分子对接构象、处理含金属离子的体系对接以及模拟有水分子参与的配体-蛋白质相互作用等方面展现出显著优势。通过使用GOLD软件,研究人员可以精确模拟分子结合构象,探索分子间的相互作用,从而优化药物设计。

讲座内容:

在本次讲座中,我们将详尽介绍GOLD软件关键功能和参数设置,包括蛋白柔性处理、配体构象生成、水分子处理、金属处理等方面。

此外,我们将通过具体案例和软件实操,重点展示GOLD软件处理复杂对接体系的能力,特别是在金属蛋白对接、有机金属化合物或大环化合物与蛋白的对接方面的技术优势。

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三、探索分子结构的奥秘:使用ConQuest和Mogul获取扭转角分布知识

时间:8月1日(周四)下午15:00-16:20 

分子的三维结构和构象是决定其生物活性的重要因素。Mogul和ConQuest是由CCDC提供的两款专门用于小分子构象检索和分析的强大工具。Mogul能够迅速评估分子构象在实际晶体环境中的分布情况,而ConQuest则专用于从CSD检索和提取结构信息,并与Mercury软件无缝对接,进行参数统计和图形展示。这些工具为药物设计提供了重要的晶体学数据支持和构象分析手段。

讲座内容:

在本讲座中,我们将详细介绍Mogul软件的核心功能及其实际应用,尤其是如何利用Mogul进行分子结构的验证和构象异构体的生成

同时,我们也将详细探讨如何结合使用ConQuest和Mercury软件来获得特定扭转角度的分布数据,并展示如何应用这些数据在药物设计中获得新的灵感。

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别错过这次机会,加入我们的讲座,扩充您的科研工具箱,掌握CCDC软件的高效应用技巧。我们期待与您一起探索CCDC在药物研发中的无限可能!

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