SimGlycan®可以分析质谱数据预测多糖和糖肽的结构。SimGlycan®支持MS / MS以及多级质谱（MSn）实验数据。全面支持基于LC-MS/MS的糖肽数据对糖肽解析，推动糖基化研究。
SimGlycan将质谱数据与自有数据库的推定片段匹配，生成一个可能的候选结构列表。每个结构都按其与实验数据的匹配程度进行打分。多糖的结构说明中，除了结构信息，其他可能分子结构的生物信息，如多糖种类（(N-连接，O-连接，肝素，脂多糖等)，反应，通路和酶等信息也可以很简单地查询到。在糖肽定性分析中，可以得到蛋白质ID，名称，来源，分类，种类，多肽序列，多肽质量等信息。
蛋白质糖基化是指多肽序列修饰上糖残基，是一个关键的翻译后修饰。糖肽具有多种生物功能。为了识别特定结构的对应功能，需要知道各自的glycan残基的详细信息。为理解所有这些现象，糖基化分析引起越来越多人的关注。聚糖也被发现参与许多生物过程，包括胚胎发育，细胞间和细胞内活动，免疫功能的协调，病原体在宿主组织中的归位，细胞分裂过程和蛋白质的规则和相互作用。
SimGlycan®可以分析非衍生糖，完全甲基化以及多种末端还原修饰的糖质谱数据，并且用户可以自定义完全甲基化多肽的还原端质量。同时全面支持MSn的数据分析，协助解决异质性，分支模式和寡糖结构的解析。SimGlycan® 能够识别复杂的、即使是有取代基修饰的糖胺聚糖结构，如硫酸盐，磷酸盐，乙醇胺等。这个功能有助于核对被取代基修饰的糖残基。，SimGlycan®是在糖组学分析领域的强大工具，与第三方软件如ByonicTM 可以构建完整糖肽分析解决方案。
SimGlycan的数据库中包括了9964种糖类，22814种糖蛋白，其中6826种已知生物来源的多糖和5874种已知分类的多糖。此外，用户可以自定义数据库。
为了支持不同仪器的自动化数据分析流程，SimGlycan®提供对不同的加和物（例如 H, Li, Na, Mg2+, K, HCOO- and NH4+）,以及不同的加和组合（如Na + H, Li + H等）的全面支持。可以基于不同的仪器设置，对多糖和糖肽的MS/MS碎裂离子类型进行定义，这样可以帮助软件在数据分析时降低假阳性率。
此外， 在质谱数据处理过程中包括，谱峰检测，单洗脱峰下同分异构体的分离，同位素峰的聚类，准确选择用于MS/MS扫描的母离子质荷比。
所有可能的多糖与糖肽结构均基于SimGlycan®独有的搜索和打分机制进行打分和排名。该机制基于数据库的多肽/糖肽与实验得到多肽/糖肽（组成和分支结构）的数据的匹配度进行打分。
SimGlycan®允许用户自定义结果的过滤方式，包括分类，生物来源等。另外用户可以自定义糖的分支数目，减少结构中预期的末端单糖和非还原端单糖以提高最终搜索结果的准确度。
TMT试剂提高标记的多糖离子化效率，SimGlycan可以根据质谱输出的报告离子强度对多糖进行相对定量。
MSn技术的应用有助于解决异质性，分支结构和寡糖异构体的问题。MSn技术允许识别具有类似特征碎片离子类型的多糖，这些在MS/MS谱中无法区分，而随着MS(n)的增加，进一步生成的碎片离子变得具有结构特异性，这有助于对选定结构的详细表征。
SimGlycan®还支持来源于LC-MS/MS对纯化得到糖蛋白酶解得到的糖肽分析数据。为了利用MS/MS数据鉴定糖肽，通过第三方工具鉴定得到的蛋白质ID，蛋白质序列或多肽序列将作为初始数据输入SimGlycan®。SimGlycan®会标识出可能的糖-肽组合，并按理论特征峰与实际谱峰的匹配度给出排列。
SimGlycan®为用户提供非常完善的项目管理，可将结果与搜索参数和导入参数设置相关联。可以在软件中打开任意数量的project，用户可以在一个project中导入20000张谱图。这些项目可以按照来源、实验目的等进行分类。这一点在大规模糖组学数据的分析中十分重要。包括糖结构和糖碎片离子。可对质谱谱图进行注释并生成报告，也可导出注释谱峰列表。
SimGlycan®为用户提供绘制和编辑糖和糖肽结构的功能。单糖、肽段和取代基（如HSO3）均可添加或删除，分支和端基链接均可编辑。并且在用户绘制结构时能够比较实验数据和理论数据，使用户能够查看他的修改是否使理论多糖结构更接近实验数据。
软件通过标记实验数据的m/z与理论碎片离子的匹配度，以及对一系列单糖单位的丢失进行注释。帮助研究者建立分支模型并且验证多糖的基本单位，碎片离子的电荷价态也可显示。
SimGlycan®支持各大主流质谱仪器厂商的数据格式：
1. 来自于Sciex的TripleTOF™ 5600 System, TOF/TOF 5800, 4800 Plus MALDI TOF/TOF™ Analyzer, QTRAP® 6500 System, 4000 QTRAP® and QSTAR® Elite Systems, 4000 QTRAP®, QSTAR® Elite Systems 产出的原始数据文件
2. 来自于Agilent的Agilent 6200 Series TOF LC/MS, Agilent 6500 Series Q-TOF LC/MS systems的原始数据文件。
3. 来自于Bruker 的ultrafleXtreme™ MALDI TOF/TOF, ultraflex™ MALDI TOF/TOF, autoflex™ TOF和 TOF/TOF, maXis™ UHR-TOF, micrOTOF™, micrOTOF-Q™, solariX™ Qq-FTMS, amaZon™ ion trap series的原始数据文件。
4. 来自于Thermo Scientific™ 的LTQ FT Ultra, LTQ Velos, LTQ XL, LTQ Orbitrap Discovery, LTQ Orbitrap Velos, LTQ Orbitrap XL, MALDI LTQ Orbitrap, Orbitrap Elite, Q Exactive, Thermo Scientific™ Orbitrap™ Fusion™ Tribrid mass spectrometer, Thermo Scientific™ Q Exactive™ hybrid quadrupole-Orbitrap mass spectrometer的原始数据文件。
5. 来自于Waters Corporation 的SYNAPT G2 HDMS, SYNAPT G2 MS, Xevo G2 QTof, Xevo QTof MS, Xevo TQ MS , Xevo TQ-S platforms的原始数据文件。
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