AlleleID®是一款可用于细菌鉴定，病原体检测以及物种鉴定的综合性桌面工具。通过以ClustalW为核心的多序列比对方法，AlleleID®可以设计用于物种鉴定/跨物种分析的基因芯片探针以及用于实时PCR的SYBR®Green， TaqMan®MGB， TaqMan®探针， 分子信标以及实时PCR引物。AlleleID®也支持检测可变剪切片段的基因芯片实验的设计。
跨物种/类群特异性分析
菌种鉴定分析
基因剪接/可变剪接所用基因芯片
连接外显子引物设计
实时PCR引物设计
TaqMan®探针设计
SYBR®Green引物设计
分子信标设计
FRET探针设计
基因芯片探针设计
NEAT分析设计
直接连接多个数据库
支持多种导入&导出格
AlleleID®通过ClustalW进行序列比对，分析保守和物种特异性区域序列，可以应用于实时PCR引物设计（包含SYBR®Green引物设计）和双标记探针设计（TaqMan®探针， TaqMan®MGB 探针和分子信标）之中。而这些分析可以应用于菌株检测或者从混合菌株中找到感兴趣的菌种。
在跨物种实验中，AlleleID®通过识别保守区域以设计用于跨物种实验的通用探针。对于相关的生物体，当研究物种的基因组序列草图不可用时，可以使用AlleleID®来研究其基因表达。这项强大的功能可以帮助解决很多具有挑战性的难题，例如：检测、鉴定、定量以及污染物或环境等的监测。
高度特异性寡核苷酸的设计中，AlleleID®能够避免自动注释的BLAST搜索结果找到的显著同源性区域。实时PCR引物和探针设计可以避免模板形成二级结构以提升效率。“最小探针集合”为AlleleID®最具创新性的特点之一，可以帮助设计最少数目的等位基因特异性寡核苷酸引物和混合菌株中每个感兴趣菌种/菌株/类群的唯一标识双标记探针，有利于降低检测成本。对于类群或跨物种实验，这项特点在种属或类群差异性很大时十分有用。对于部分预先设计且被检验的引物集合，AlleleID®可以设计用于剩余序列的物种鉴定和类群特异性分析的兼容引物和探针。
基于Luminex's xMAP®技术，AlleleID®可以设计应用于悬液芯片实验系统的多重株系分化分析。如果您研究的是密切相关的生物体，这个功能可以帮助您在一个反应体系中进行等位基因特异性引物延伸分析（ASPE）和DHA分析。
AlleleID®是可以设计MLPA合成探针的方案，包括MLPA和MRC Holland引进的MLPA，后者可使研究者在没有合适的生物试剂盒完成延伸。这是一种快速发展的高通量遗传分析方法，可以检测外显子缺失、拷贝数改变、CpG甲基化模式。这类技术有经济高效，灵敏度高，特异性强，重复性高的特点。
AlleleID®还可以设计用于PamGene芯片的mRNA特异性、DNA 特异性以及突变特异性MLPA探针。因而，PamChip®用户可以设计属于自己的探针，使用PamGene高精度检测平台来检测感兴趣的基因。结合这两种技术，用户可以轻易在6小时内检测拷贝数变化和突变。
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