Primer Premier是一款设计分析PCR引物的综合性软件。Primer Premier的搜索算法利用最近邻热力学算法（Nearest Neighbor Thermodynamic）计算最准确的解链温度，找到最佳的PCR、多重PCR和SNP基因型分型分析引物。软件会根据引物的二级结构、二聚体、发夹结构、同源性和物理性质进行筛选，并根据其性能优越性给出最佳选择并生成一个顺序。从NCBI 下载感兴趣的基因，选择搜索范围，Primer Premier会自动为您选择最佳引物。
新型提升检索算法
自动序列检索
自动规避同源&模板结构
评估先前设计引物
手动引物检索
编辑模板序列
序列可视化
可生成报告
本地BLAST选择
数据&数据库管理
SNP基因分类引物设计
Primer Premier可以从dbSNP数据库载入序列并设计位于选择SNP两侧的引物。数以百计的未发表的SNPs也可以按照GenBank/dbSNP 标准文件的变异格式进行加载。指定SNPs后，可以设计引物对其进行基于探针的扩增检测。
多重引物设计
针对多重PCR实验来说，Primer Premier可以对引物进行成批检索，然后检测引物之间的交叉反应活性，减少引物之间的错配。
手动引物搜索
用户可以对Primer Premier 引物设计进行完全操控。使用手动引物检索选项，用户可以选择模板序列中的任意位置设计正义或反义引物。 Primer Premier 可以即时计算并显示出新引物的特性，用户最终选中的引物会显示在主窗口的引物序列视图中。
自动回避同源区域与模板结构区域
Primer Premier 自动注释BLAST检索结果并使用特有算法检查可能存在的二级结构。避免同源区域和二级模板二级结构区域，以设计高特异性和效率的引物。
全能型引物设计与分析
Primer Premier还可以评估先前设计的引物的性质并进行排序，判定引物和所期待的目标得分的差距。这个特征在研究已发表或先前设计的被证明有效的引物时是否有用。对于任何的给定引物，Primer Premier甚至可以设计与之兼容的正向或反向引物。
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