Beacon DesignerTM自动化实时PCR引物和探针设计，全球的分子生物学家将其应用于实时PCR分析的设计之中，有效地节省了实验时间和开支。通过自动注释BLAST结果和避免模板结构，Beacon Designer™可以成功设计SYBR® Green, TaqMan®, HRMA引物, MethyLight TaqMan®, LNATMspiked TaqMan®, 标准分析和NASBA® 分析中的分子信标，Scorpion和FRET分析。
SYBR® Green引物设计
TaqMan®探针
多重实时PCR分析设计
HRMA引物设计
MehthyLight TaqMan®设计
分子信标设计
NASBA® 分析设计
FRET探针设计
Scorpion®引物设计
避免交叉同源性—引物特异性
避免模板结构—引物效率提升
寡核苷酸排序
特异性和高效性
支持通过BLAST比对序列和检索模版结构。引物和探针设计时可以用到这些检索结果，自动回避表现出显著同源性和二级结构的区域。
SYBR®Green分析设计
SYBR® Green 是实时PCR中最常用的技术。Beacon Designer™可以设计SYBR® Green引物，且可以评估先前设计引物。支持自由选择设计参数或者直接使用专家基于大量实验和讨论选择的默认值，甚至可以针对特殊的实验需求自己设置默认值。除了可以在感兴趣基因的任意位置中定位引物，Beacon Designer™还可以设计跨外显子-外显子或外显子-内含子引物，有助于从gDNA中选择扩增得到cDNA。
HRMA 分析设计
Beacon Designer™提供了针对突变检测的全面方法。相对于以探针为基础的基因型分型分析，高分辨率熔解曲线分析（High Resolution Melting Analysis, HRM）更经济实惠。Beacon Designer™运用一种独有算法，能够设计出检测突变的最佳HRMA引物。HRMA引物设计在感兴趣的突变处的两侧生成最短的扩增子，扩增子具有可检测的溶解温度差异。引物设计避免了模板二级结构，保证有效的引物延伸。HRMA引物可以同NCBI上核苷酸数据库进行BLAST以检测其特异性。先前设计和发表的引物同样可以用于分析。
双标记探针设计
TaqMan®探针：优化TaqMan®探针设计，能够研究差异基因表达或通过TaqMan®的SNP基因分型分析研究单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms, SNP）。还可以选择设计愈为流行的LNA™ spiked TaqMan ，其较标准TaqMan®探针更加稳定。Beacon Designer™还可以帮助设计区分甲基化和未甲基化DNA的高通量分析，MethyLight分析，所用引物和TaqMan®探针。基于以上这些技术，可以评估先前设计或发表的引物或TaqMan®探针。设计完成后，软件会根据不同的寡核苷酸属性将设计的结果按性能排序。
分子信标（Molecular Beacons）：支持设计或评估标准或NASBA®分析的分子信标。NASBA®分析是一类引物依赖性技术，可以用于一种混合物在单一温度下的核酸连续扩增。支持设计单一温度或多重PCR条件下的NASBA®分析分子信标。
蝎形引物（Scorpion®）：支持设计蝎形引物和探针。蝎形引物分析对于不需要酶切的分析十分重要。引物和探针在反应中发生配对。
FRET探针：支持设计和评估FRET探针。FRET探针可以和先前设计的SYBR®Green引物兼容。
多重实时PCR分析
支持设计基于TaqMan®探针的多达5组目标基因的多重实时PCR分析。
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