Mascot Distiller 几乎可以查看和处理所有目前市场主流仪器类型采集的原始数据。数据文件可以是单一的、低分辨率的质谱扫描结果，也可以是采集于复杂的、高分辨的DDA（数据依赖型采集方法）实验的质谱结果。目前为止，Distiller已经实现了普通数据文件与数据文件变体之间处理的一致性。
● 读取，查看质谱原始数据的统一平台
● 谱峰检测，优化谱峰提取、校正谱图错误（核心功能）
● 结合Mascot Server成为蛋白鉴定、定量的完整解决方案
● 提供Sequence Tag、De Novo Sequencing功能
● 兼容N15、O18、SILAC、二甲基化等MS1定量方法
Mascot Distiller图形界面提供了一个简单易操作的数据浏览器，用户可以查看数据谱并生成峰值列表，数据可来自多种不同的质谱仪器。处理代码是以Windows COM库存储的，因此可被类似Mascot Daemon的程序调用，也可被您自己编写的程序调用。
在数据资源管理器的采集界面，扩展了TIC节点，使得所有的扫描都能像树一般展示。点击TIC图靠近中间的位置将能了解数据结构。您将会看到它是DDA（每一次全扫描都会带上一定数目的MS/MS扫描），还是其他更复杂的数据采集方式。
● 选择谱峰中信号最强的特征峰
● 拟合出该谱峰所有可能的价态下的理论同位素分布，并将其与实际谱图进行比对
● 对质荷比及峰宽进行计算，得出理论分布和实际分布的相关系数
● 选择最佳的分布形式，并提取该状态下的谱峰信息及积分面积
● 循环计算谱图中所有的谱峰直到只剩下噪音信号
Mascot Distiller通过将实验数据与理想同位素分布拟合来检测峰值。这种方法的优点在于：完整的实验结果都将得到拟合，而不仅仅是12C峰。电荷态是自行决定的，因此峰值列表中仅包含单同位素峰，甚至当信号噪声很强或是同位素分布未被解析时也能得到很好的结果。整个过程并不需要进行平滑处理。
在谱峰提取完毕后，左下角标签栏多出一个模块peak lists，点击后选择相应谱峰即可展示提取结果。Mascot根据设置的参数可以将来自于同一个母离子的多个MS/MS进行谱峰合并，也可以进行完全独立计算。将鼠标移到右侧Summed scans的谱峰上可以看到各个谱峰提取结果的详细信息。
当我们点击左侧谱峰分支的根目录时，Mascot会展示提取谱峰的详细表格。
此时，我们也可以点击File 菜单，选择Save Peak lists as->collection as，可以将整个谱峰列表导出成MGF，DTA等格式,用于数据库搜索。
可以直接在Distiller中连接Server提交搜库任务。点击Analysis菜单下的Mascot Search或者点击单个谱峰后选择Mascot Search即可打开搜索参数提交界面。
点击后打开的搜库界面和网页下的一致，除了数据文件已经自动提交不用再次选择。在搜索时，Distiller会再次新建一个标签Search，显示搜索进度。
Distiller中同时包含了De Novo模块，可以对谱峰进行无数据库的氨基酸比对，Mascot的De Novo算法基于其搜库算法。可以对单个谱图进行De Novo，也可以对同一数据中的所有MS/MS进行De Novo。De Novo的搜索参数与DB Search相似，选择对应的酶切类型、修饰类型、仪器类型及MS1，MS/MS 容差即可，无须设置数据库类型。结合Mascot搜库及Sequence Query功能能够有效鉴定稀有种属的蛋白序列信息及未知后修饰、点突变信息。
Mascot Distiller 同样可以对基于母离子标记定量信息的SILAC、15N、18O代谢标记的结果进行定量并采用如标准差，相关性系数等一系列质量控制方法，对结果进行可信度评估，从而得到可靠而准确的同位素定量结果。
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