ChemAxon提供强大的化学名称转化引擎Naming，能够将化学/生物化学结构和名称进行相互转化。除了能够识别IUPAC和传统名称，它还能识别通用名和CAS注册编号。通过用户自定义的字典或者网络服务，它还能将企业化合物ID号或者相应的文本转化成化学结构。同时支持英文，中文和日文。
Naming可以根据最新的IUPAC惯例为化学结构产生IUPAC名称。另外也可以产生传统名称，自由基化合物，天然产物，或者肽链结构都可以进行命名。
可支持的化学名称：
IUPAC名称（英文，中文和日文）
系统命名
通用名
药品商品名
CAS 名称
CAS 注册编号
为了支持快速增长的亚洲语种的科学文献，ChemAxon发布了Chinese Name to Structure (CN2S)和Japanese Name to Structure (JN2S)转化工具。这不但加强了Naming引擎，也加强了其他基于Naming技术运行的应用程序（如D2S, D2DB, Plexus Mining等）。有了CN2S和JN2S，就可以方便的从中文和日文文献中提取化学结构信息。
发现有些模糊的通用名不在我们的字典里？或者想把企业内部的化合物ID号转化成化学结构？没问题！Naming支持导入用户自定义字典。SMILES和自定义文本可以保存在一个本地文件中，Naming可以参考这些信息进行名称与结构的相互转化。从5.12版本开始，Naming还可以通过网络服务来调用自定义字典。
在其他应用程序中使用Naming
在MarvinSketch中，IUPAC名称可以被转化为化学结构，也可以根据化学结构生成IUPAC名称显示在画板上。IUPAC和通用名还可以在一个单独的窗口产生和显示出来。
使用MolConverter或者Cxcal的命令行模式调用Naming功能，可以批量的将化学结构和化学名称进行相互转化。
有多种不同的方式可以将大量的化学结构转化为名称或者将大量的化学名称转化为结构。无论哪种方式，Marvin可支持的各种格式的文件都可以作为输入文件。化学名称和化学结构可以自动成为Instant JChem和JChem for Office表中的数据列。JChem for SharePoint，作为SharePoint上的插件，也使用Naming技术将SharePoint文档中的化学信息进行索引。在其他ChemAxon软件中使用Naming时需要另外的Naming许可文件。
在Oracle数据库中，化合物名称和结构可以通过JChem Cartridge自动进行批量转化。Naming引擎也可以通过Marvin API应用到定制应用程序中。在工作流软件中也可调用Naming，如Pipeline Pilot和KNIME。Naming也被部署到ChemAxon合作伙伴的各种应用程序中，如Linguamatics正与ChemAxon合作，在ChiKEL项目中强化化学文本信息挖掘。
Document to Structure 和 Chemicalize — 化学信息挖掘
在ChenAxon的Naming技术的强力支持下，Document to Structure (D2S) 成为能从各种格式(PDF, PPT, Doc, Xls, Txt, HTML等)的文档中提取各种类型的化学信息的多功能应用程序。它还应用OCR(Optical Content Recognition,图片文本识别)和OSR(Optical Structure Recognition, 图片化学结构识别)技术来从图片格式的PDF文档中提取化学结构。一旦化学结构被提取出来，每个化学结构对应的文档位置也会一同返回。所有这些特性都是D2S成为化学文本挖掘、专利分析和内部文档管理的工具。
ChemAxon将Document to Structure的功能部署到了一个免费公开的网站chemicalize.org上，让用户可以从网页和文档中提取化学信息。提交的网页将通过网页浏览器（Webpage Viewer）打开，所有的化学信息将被高亮显示出来，并且在鼠标移过的时候显示对应的2D化学结构。所有的化学结构汇总到文档顶部，可供用户进行下载。文档浏览器(Document Viewer)可以同样的方式处理PDF文件：通过本地浏览器打开文档，浏览所有从文本中识别出来的化学结构。更多信息请访问www.chemicalize.org
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