时间: 2023年10月19日(周四) ; 2023年10月26日(周四) ; 2023年11月09日(周四)
系列讲座主题:
主题一:利用海量晶体数据赋能分子设计
主题二:分子对接软件GOLD特点及使用案例
主题三:结合Mogul和Gaussian量化计算进行分子优化
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一、利用海量晶体数据赋能分子设计
时间:10月19日(周四)下午15:00-16:00
CSD是由CCDC(剑桥晶体数据中心)维护的目前全球最大的小分子晶体数据库,目前CSD已经包含超过125万个小分子的晶体结构。本次研讨会我们将探索如何利用这些海量的数据并转化为对药物发现有用的知识信息以及软件工具,从而助力药物设计。
本次研讨会将重点向您介绍两个工具,展示如何从CSD的海量数据中获得知识和见解,并应用这些知识和见解帮助药物设计:
♦ 构象验证:通过将分子构象与已知的经验结果进行比较,验证您的目标化合物构象的合理性。Mogul是一个CCDC组件,利用CSD作为知识库,用于分子构象的确证和优化。
♦ 理解相互作用:使用完整的相互作用图(FIMs)来预测分子内和分子间的相互作用。FIMs允许您生成一个3D相互作用图,它包围着一个分子,并表示与某些官能团发生相互作用的概率较高的区域。
二、分子对接软件GOLD特点及使用案例
时间:10月26日(周四)下午15:00-16:00
GOLD是由CCDC开发的一款被广泛使用分子对接软件,其依靠CSD海量的小分子晶体数据使得GOLD在对接时的小分子构象生成、分子间相互作用理解等方面有独有的优势。本次研讨会我们将探讨GOLD的特点和相应的成功案例,包括水分子介导的对接、蛋白柔性对接等。
本次研讨会我们将探讨GOLD的特点和相应的成功案例,包括水分子介导的对接、蛋白柔性对接等。
三、结合Mogul和Gaussian量化计算进行分子优化
时间:11月9日(周四)下午15:00-16:00
Mogul是CCDC用于小分子构象分析和确证的强大工具,应用Mogul可以快速探索您感兴趣的分子构象或局部构象在真实晶体世界中的分布情况。Mogul是基于已有真实晶体数据的知识总结和提炼,特点是快速而准确。
Gaussian是权威的量子化学计算软件包,可以基于量子力学原理精确计算分子的各项性质包括优势构象的探索、构象能的计算、扭转能的计算、二面角的搜索等等。Gaussian计算相对比较耗时但是准确。
本次讲座我们结合Mogul和Gaussian进行分子构象的分析和精确的扭转能计算以辅助进行分子优化。