PrimerPlex是一个高效且先进的多重PCR实验引物设计工具。多重PCR实验能在一个体系中同时扩增多条靶序列，可以有效降低时间和实验成本。
多重PCR实验SNP检测和高通量基因分型分析
多重PCR实验引物设计
综合性实验分析支持
二代测序分析
引物特异性
评估先前设计引物和探针
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PrimerPlex解决在设计多重PCR实验时遇到的主要困难，包括引物二聚体，无法区分产生相似电泳迁移率的扩增子和与非靶DNA模板结合产生的引物错配。PrimerPlex使用特有的算法设计在同一反应条件下超过100条序列的最佳多重PCR实验引物集合。引物集合通过在同一条件下筛选与最小化Tm错配以保证特异性扩增和高信号强度。在这一步骤，PrimerPlex在几秒内分析数百万种可能的多重PCR实验引物集合，展示出可选的引物结果列表。可以指定在设计引物对扩增产物大小最小和较大差异以在电泳谱带上获得更好的展示效果。为了保证引物特异性，引物可以同NCBI上所有可用基因组数据库进行BLAST检索比对。
标准多重PCR实验
多重PCR实验促进单个反应体系中多个靶点的扩增，可以同时减少实验的时间和花费。多重PCR实验现在包括了病原体检测、二代测序的靶向富集、性别筛选、连锁分析、法医学研究、模板定量和遗传病诊断。PrimerPlex算法在数百对引物集合中找出目标引物对，能满足可以有效扩增序列，不和同一反应体系中其他序列产生杂交，不和其他引物配对，以保证高信号强度。引物设计均在统一的反应条件下，使其能够标准实验反应下扩增。标准多重PCR实验的引物被设计为不同扩增长度，其中差异足够形成可识别的电泳谱带。
SNP基因型分型分析
PrimerPlex检索NCBI的dbSNP数据库中的ssIDs和rsIDs。为扩增SNP位点，PrimerPlex设计SNP两侧的引物。可以指定排除SNP上游和下游特定数目的碱基。如果在同一序列上有多个SNP位点，软件会生成报告展示全部引物，包括扩增SNP位点位置、与非扩增SNP引物重叠的碱基数目。
二代测序分析
PrimerPlex可以设计多重PCR实验寡核苷酸，用于靶向富集、变异检测例如SNPs，DIPs（缺失/插入多态性）和MNPs（多核苷酸多态性）。
评估引物和探针
PrimerPlex支持使用先前设计的寡核苷酸构建多重PCR实验引物集合。在用户指定寡核苷酸后，能够分析得出它们的性质，得到引物可能产生的偏差提示。若没有指定寡核苷酸，PrimerPlex自行进行设计，检查其是否适合于多重PCR实验，强调和先前设计的引物和探针的兼容性问题。用户可以自由决定接受设计或采用新的选择。
直接杂交分析
PrimerPlex支持使用先前设计的寡核苷酸构建多重PCR实验引物集合。在用户指定寡核苷酸后，能够分析得出它们的性质，得到引物可能产生的偏差提示。若没有指定寡核苷酸，PrimerPlex自行进行设计，检查其是否适合于多重PCR实验，强调和先前设计的引物和探针的兼容性问题。用户可以自由决定接受设计或采用新的选择。
ASPE分析
PrimerPlex设计为等位基因特异性引物延伸分析（Allele Specific Primer Extension, ASPE）设计高特异性引物。ASPE引物保证其突变位点位于3端，引物同样按以上方法保证其适合于多重PCR实验。
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