在寻找有前景的先导化合物的研究过程中，化合物的注册已经成为十分重要的步骤。通过化合物注册，制药企业或者科研单位将内部所有的化合物及其实体样品进行统一的编号。通过这个统一的编号，可以将化合物相关的所有实验数据关联、整合在一起，为实验数据的分析和比较提供便利，从而帮助科研人员发现具有潜力的化合物。
ChemAxon Compound Registration是一个高质量的化合物注册系统，可以在注册流程中对化学结构自动进行检查和验证来确保所注册化合物的标准化、准确性和唯一性。简洁的用户界面和注册流程，可以较大程度的简化实验人员注册化合物的操作。灵活的系统配置，可以满足不同的企业和单位对化合物注册规则和流程的不同要求。
● 基于Web浏览器的界面，省去客户端的安装操作，便于部署；
● 自动化的注册过程，自动对化学结构进行检查和验证；
● 支持各种不同类型的化合物的注册；
● 支持批量化合物注册；
● 支持多种化学结构编辑器；
● 多层次的化合物注册信息存储；
● 支持各种类型的化学结构检索功能；
● 灵活的系统配置，可以根据用户需求添加不同类型的数据字段；
● 可以对化学结构的检查和验证规则进行个性化配置；
● 严格的安全机制，可以按照用户组或项目进行访问权限控制，保护知识产权；
● 支持MySQL, Oracle数据库，方便与其它程序进行数据交互。
在实际操作中，用户可能会遇到一些特殊的化合物并需要对它们进行注册。ChemAxon Compound Registration可以支持多种类型的化合物的注册。
◆ 单体化合物
结构明确的单一化合物
◆ 替换化合物
在化学结构没有完全鉴定清楚的情况下，例如化合物的立体构型不明确的情况下，可以注册多个组分，而其中只有一个组分的化学结构代表真实的化合物
◆ 混合物
在生产过程（如反应）中，最终的产物包含了多个化合物，每个化合物的含量都很显著。这种情况下可以注册多个组分，并标注每个组分的百分含量范围
◆ 配方
由多个化合物按照特定比例组成。这种情况下可以注册多个组分，并标注每个组分的百分含量
◆ 结构未知的化合物
可以通过文本注释Chemically Significant Text (CST) 来进行注册
◆ 盐类或者溶剂化化合物
系统能够自动识别化合物的母体结构，并分别根据母体结构和所对应的盐/溶剂来分配母体化合物编号和化合物编号
ChemAxon Compound Registration分三个层次存储的化合物信息：Parent、Version及Lot。根据化学结构匹配的结果，系统自动为化合物分配母体化合物编号，化合物编号和批号。
◆ Parent
指化合物去除了盐、溶剂、同位素等不同因素的母体结构。
◆ Version
指某个母体结构的同位素、盐或溶剂化的不同变化。
◆ Lot
指化合物的不同生产批次。
1. 化合物注册流程的触发
化合物注册流程可以通过在ChemAxon Compound Registration的网页界面提交化合物触发，也可以通过上游系统（例如ELN）提交注册申请来触发。
2. 注册信息的检查与验证
注册流程启动后，系统首先会根据配置的企业规则对外部编号（如Notebook页码编号，项目编号等）和某些特定的数据进行验证。然后对化学结构进行标准化、验证和质量检测，在这过程中系统会自动修正错误的化学结构，不能自动修正的化合物将进入到集结区（Staging Area）等待人工处理。
3. 修正注册失败的化合物
注册失败的申请会自动保存在Staging Area。提交申请的用户可以根据系统提示对化合物信息进行人工修正，然后重新提交，再次进入自动注册流程 注册管理人员可以随时对注册失败的化合物进行监控，提醒用户对这些化合物进行处理，或者直接对这些化合物进行修正并重新提交注册
4. 修改已注册化合物
▲ 对已注册的化合物进行修正
▲ 修正可以在Parent, Version和Lot 三个不同的级别进行，将相互影响
▲ 必须按照特定的顺序进行修正
▲ 所以的修改历史可进行跟踪
■ 系统管理员可以在系统中对化合物检查、验证，化合物相关数据的检查，以及化合物的匹配等各种规则进行设置。例如结构标准化过程，用户可以配置对结构进行芳香化、显示氢、硝基/亚硝基形式等处理规则
■ 系统管理员也可以配置化合物注册编号的生成规则。例如可以设置Compound ID的前缀，长度，自动增长规则等
■ 系统管理员还可以对盐/溶剂的字典进行修改和维护，根据实际需求添加新的盐和溶剂，支持用户来注册相应的化合物
■ 系统管理员也可以根据用户需求在化合物信息的各个层级添加新的数据字段
· 可以通过注册系统的Search页面进行检索查询
· 灵活管理并定制浏览界面
· 同时支持结构和文本检索
· 检索结果可以直接链接到修改注册化合物页面
· 多种结构检索模式（精确结构检索，子结构检索和相似性检索）
· 描述字段检索，例如CST,分子量，提交用户，项目编号等
· 支持立体化学检索（2D Matches, Tautomer matches）
· 检索结果可以导出SD文件
管理员可以将用户分配至不同权限的用户组
管理员可在系统中创建项目，并将用户分配到各个项目中，从而控制每个用户可以访问的化合物范围
用户组与项目管理的相互结合，可以对每个用户的操作类型和数据访问范围进行全面的控制，从而保证知识产权的安全
自定义化合物注册编号规则
管理用户权限
添加和修改字典
设置化学结构验证和标准化规则
邮件提醒
化学结构和属性的显示和修改
跨平台的网络服务器支持
灵活丰富的API接口可以轻松地整合到用户现有的IT环境中
支持主流关系型数据库
支持Chemaxon的前端应用程序（如Instant JChem）,以及客户化的后端工具都可以轻松的与Compound Registration系统数据库交互
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