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TECHNOLOGY

IPA 2020春季更新

最新功能:Activity Plot

利用新增的Activity Plot功能,您可以把您的每一个分析模块(Upstream Regulator、Canonical Pathway等等)的活性预测结果与OmicSoft Land中收录的数据集的相应分析结果(>60000)放在一起,以点图的形式进行可视化展示和比较。该功能可以帮助您发现更多生物标志物,研究药物再利用或者解释生物学机制等。(该功能需要开通Analysis Match 功能模块)。 


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Analysis Match数据库中数据集(>60000个)对表皮细胞-间充质细胞转化(epithelial to mesenchymal transition,EMT)的功能活性预测情况。EMT在其中>3500个数据集(图中以散点表示)中有显著活性变化。其中EMT显著抑制(z-score<-2)的数据集已被选中,同时表格中的数据以 “Treatment vs. Control”(比较类型)为条件进行了过滤。


可视化您网络或通路中的融合基因

通过可视化您网络或通路中融合基因的上下游调控作用关系,揭示癌症调控机制

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在空白通路中加入融合基因BCR-ABL1,并构建一个小网络。空白网络加入BCR-ABL后,再添加该融合基因相关的上下游分子,信号通路或疾病。接下来又使用Molecule Activity Predictor工具预测药物imatinib对通入的激活效果。总之,正常基因的网络构建操作都可以用在融合基因上。

 

联用QIAGEN Land Explorer中的多组学数据整合信息

IPA提供了进入Land Explorer全库的链接,用于探索大型多组学生物背景数据库。该功能需要开通Land Explorer 功能模块,但是我们给大家自动开通了30天的Land Explorer试用期,自2020年3月29日开始。

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QIAGEN Land Explorer已经被整合进入IPA。该扩展功能模块可用于多组学数据背景下深入研究单个基因表达信息,不同基因间的表达相关性以及可视化Analysis match数据集中的差异表达信息。


内容优化和更新

现在analysis match中收入的数据集数量>60,000个

l  新加入~139,000知识条目;总数达710万条

l  扩展经典信号通路

l  新加入5条信号通路

l  10条通路中新增活性预测信