更新后的IPA版本的新外观,另外包括一个重新设计的Quick Start窗口和video介绍,帮助快速了解IPA的主要功能。
上图为IPA的新界面。新版本几乎所有功能和内容都与之前的版本相同,但是版面改变了。
Quick Start
新的IPA Quick Start窗口,提供不同分析模块的help文档和链接等信息,以便用户能够更高效地直接学习使用 IPA。其中包括分析数据流程,help文档链接和案例分析等等。
上图为新的Quick Start窗口。点击Help > Quick Start或按键盘上的control-9(Windows)或按键盘上的⌘-9(Mac)即可进入。
Core Analysis 和 My Pathways中的video
在Core Analysis中可以找到video。My Pathways窗口中也有按钮链接到新的video中。
Graphical Summary
新增的Graphical Summary功能可以对Core Analysis中的结果进行汇总,并说明这些结果之间的关系。Graphical Summary可以从Canonical Pathway、Upstream Regulators、Downstream、Diseases & Biological Functions等结果中筛选最相关的分子和通路,构建核心调控网络。IPA运用机器学习算法对分析结果进行优先排序和推断关系,并连接尚无联系的分析结果。
Graphical Summary选项可在Core Analysis界面中使用。下面的例子显示的是高侵袭性claudin-low型乳腺癌细胞系相较于侵袭性较低的Luminal A型乳腺癌细胞系的差异基因表达Core analysis分析的Graphical Summary结果。在这个基于PMID 20813035的数据集中, claudin-low型细胞中ZEB1,SNAI1和SNAI2的特定转录因子激活了EMT,并且这些细胞表现出组织浸润趋势。所有这些都包含在在生成的summary结果中:
新的Graphical Summary以一个小型网络简要总结了Core Analysis的主要结果。
该summary结果考虑了许多因素,在help文章中有更详细的描述。还可以选择更多或更少的节点生成一个新的summary,并随着分析自动保存。
直接在My Pathway中添加notes
新增加的Add notes on networks功能,可以在network或pathway中任意添加notes。
4条新的经典信号通路
• Coronavirus Replication Pathway
• Tumor Microenvironment Pathway
• MSP-RON Signaling in Cancer Cells Pathway
• MSP-RON Signaling in Macrophage Pathway
将Activity Patterns添加到现有的两条经典通路中
• Erythropoietin Signaling Pathway
• Breast Cancer Regulation by Stathmin1
新增425000条findings(IPA中的总的findings超过760万条)
目前在Analysis Match和Activity Plot中有超过73,000个OmicSoft Analyses可用。
Analysis Match和Activity Plot中OmicSoft分析内容。本次新增7700条以上的分析。