时间: 2025年03月27日(周四)
PROTAC技术(PROteolysis TArgeting Chimera)是近年来药物研发的新兴领域之一。PROTAC分子一端是靶蛋白配体,另一端是E3泛素连接酶配体,中间通过连接子(linker)连接。通过构建三元复合物(Ternary Complex),PROTAC将靶蛋白与E3泛素连接酶结合,从而实现靶蛋白的选择性降解。PROTAC是靶向蛋白降解(TPD,Targeted Protein Degradation)的重要策略之一,目前全球多家制药企业(如Arvinas公司)正在积极推进PROTAC药物研发,多个候选药物已进入临床试验阶段。
在PROTAC的计算机模拟方面,合理的分子设计与优化对于提高降解效率至关重要。计算模拟能够在早期阶段帮助筛选潜在的PROTAC分子,模拟三元复合体的结合模式并评价结合打分,减少实验筛选的时间和成本。加拿大化学计算集团(Chemcial Computing Group,CCG)在2019年和2020年连续发表两篇文章,介绍使用MOE(Molecular Operating Environment)软件进行PROTAC的三元复合物建模方法,并持续优化算法,以提高模拟精度[1,2]。
使用MOE PROTAC工具方法4B模拟的PROTAC三元复合物结构
当前,MOE实现了6种建模策略。其中,方法4B能够有效模拟不同Linker对形成三元复合体的影响,为PROTAC的理性设计提供有力支持。此外,MOE近期还开发了partialPROTAC Screening Tools,提供一系列预构建的Linker构象集合,支持用户快速筛选合适长度的PROTAC连接子。
PROTAC建模方法4B
为了更好地介绍MOE在PROTAC研究中的应用,我们将于3月27日下午3点举办在线讲座,介绍MOE在PROTAC研究中的模拟方法,筛选工具与实际应用。
讲座时间:3月27日(周四)15:00-16:00
本次讲座将涵盖以下内容:
| PROTAC的计算机建模方法介绍;
| MOE针对PROTAC三元复合物的最新建模工具和优化策略;
| 通过MOE进行PROTAC分子筛选的案例分享。
报名方式:
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参考文献
[1] Drummond, M.L.; Williams, C.I. In Silico Modeling of PROTAC-Mediated Ternary Complexes: Validation and Application. J. Chem. Inf. Model. 2019, 59, 1634-1644; https://doi.org/10.1021/acs.jcim.8b00872
[2] Drummond, M. L.; Henry, A.; Li, H.; and Williams, C. I. Improved Accuracy for Modeling PROTAC-Mediated Ternary Complex Formation and Targeted Protein Degradation via New In Silico Methodologies. J. Chem. Inf. Model. 2020, 60, 5234-5254; https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00897