1.文档目的
本文档记录在JChem for Office如何进行结构的编辑和检索等化学功能,方便用户使用和学习。JChem for Office 包括了Office的所有的组件,支持Word, PPT, Outlook 中编辑和分析的化学功能。在这里以JChem for Excel中的功能进行演示。
2.JChem for Office基础功能
2.1Excel 单元格结构的编辑和复制
在Excel中,选择需要插入结构的单元格,然后点击Add/Edit就可以弹出默认的结构编辑器Marvin, 在里面可以直接绘制结构。如果我们已经有一个.mol或者其它格式的结构文件,也可以在这个编辑器中通过file>open来进行导入。 此外,也支持直接将ChemDraw中的结构通过Ctrl+C/Ctrl +V的形式粘贴过来。
此外,很多化学家可能更加习惯在ChemDraw中绘制结构,我们也可以把JChem for Excel中的结构编辑器换成ChemDraw,前提是你本机已安装正版的ChemDraw.方法如下:
JChem >Option> Structure Editor
2.2 结构格式的导入和导出
JChem for Office中支持不同结构格式和导入和导出,包括.mol, .sdf, .cdx, .mrv, .smi等。导入和导出的过程中可以选择需要的进行显示。
2.3数据库中结构的导入和导出
JChem for Excel中可以将数据库中的数据导入,支持常用的数据库,如Oracle, MySQL, MSSQL等。在导入的过程中可以对数据进行基于结构和其它属性的筛选。导入的方法如下:
(1)通过IP和账户等连接到数据库
(2)在数据库中选择想要导入的数据的Table, 然后可以基于结构和其它属性进行筛选。选择想要在Excel中显示的列就可。
2.4 化学结构检索
在Excel表格包含很多的结构,那么可以做子结构检索,精确结构检索。方法如下:
首选点击Filter打开化学结构的检索框,在左边可以双击打开一个结构编辑器,可以绘制需要结构的子结构片段。 在检索框的右侧可以设置检索的参数,如Return Non-Hits:如果位false表示将于提问结构匹配的化合物显示出来;如果位true表示与提问结构不匹配的显示出来。
通过Filter Action可以设置检索的结构指定在现有的sheet表单上显示,也可以将检索结构放到另一个Sheet表格上。
2.5 R-group decomposition -化合物基团的分解
对于一系列的化合物,可以以一个特定的母核结构,对化合物进行R-group decomposition.首先点击excel JChem 工具栏下面的R-group decomposition, 然后再对话框中输入母核结构,就可以对化合物进行R-group decomposition
此外,在JChem for Excel中还可以做SAR分析,分析不同的R-group对于特定的生物活性数值的影响。
3. JChem for Office 高级功能
3.1 物理化学属性的计算预测
在JChem for Excel中可以计算常用的物理化学性质,如PKa, LogD, logs. 可旋转键的数量,氢键受体数量等。
以Pka的计算为例:
在结构框后面,首选输入一个=,然后点击函数公式,选择JChem_Protonation&Partitioning下面的JCAcidicpKA可以计算酸的Pka.
如果对公式熟悉后直接在excel表格中输入一个=,然后输入JCAcidicpka(,)把结构参数写好就可。完成后可以想excel中国其它函数一样,通过双击的方式让全部的结构也计算出PKa值。
3.2 IUPAC名称,CAS号和化学结构的相互转化
对于有些化合物可以将结构转成Smiles,或者根据结构转成化学名称和CAS号。操作如下:
(1)Smiles转结构,直接选择smiles,然后点击From smiles即可
(2) CAS号转成结构,直接选中CAS号,然后点击From any text即可
(3)结构转CAS号,可以通过函数的形式批量转。但是并不是所有的结构有CAS,也有可能一个结构含有多个CAS号。
返回一个最早的CAS号
(4)返回所有的CAS号
3.3 虚拟反应枚举
虚拟枚举功能表示提供反应物和反应式,批量生成反应产品或者反应式。反应包括Sequential 和combinaral.
组合方式虚拟反应枚举