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MOE 2014.09版本发布

"MOE 2014.09版本新功能介绍"

内容简介:

MOE总部加拿大CCG公司于2014年12月9日正式发布了MOE最新版本2014.09。MOE 2014.09引入了“基于结构的药物设计”的项目管理功能,能够管理SBDD 项目中的结构、序列、表面图等众多和SBDD 相关的数据。对接方面现在允许通过基于原有配体为模板的对接方法。最新版本在构象生成后可以通过QM 进行精细的能量优化。在大分子设计方面的更新包括:抗体数据库生成、非天然氨基酸设计、蛋白结构家族数据库、模拟突变结果分析等等。

新特性:

  • l1.png
    SBDD项目的数据管理

    通过自动化的流程创建SBDD项目数据库

    自动对SBDD项目中的结构、序列、表面图以及描述符等进行比对

    可以在SBDD项目数据中收集家族结构数据,并在该家族结构数据中进行结构模建和loop构象采样

  • l2.png
    蛋白及抗体设计

    计算特定氨基酸的突变频率和概率

    通过突变概率打分来降低突变空间

    通过综合计算稳定性和亲和力来确定有利突变

  • l3.png
    构象优化及能量最小化

    通过MM快速生成构象并通过QM的方法进行优化

    重新设计的功能更强的Gaussian接口

    通过MOE/web SOAP的QM功能快速精确的计算构象和能量

  • l4.png
    基于原有配体为模板的对接以及分子叠合

    选择原有配体的部分结构作为模板进行对接

    基于配体相似度或进行最大子结构匹配的对接

    可以在一个数据库中进行结构叠合

  • l5.png
    非天然氨基酸残基模拟以及多肽设计

    含有非天然氨基酸残基的蛋白的构建及模拟

    构建非天然氨基酸残基并进行构象搜索

    模拟并虚拟优化非天然氨基酸残基进行ADC设计

  • l6.png
    专门的蛋白结构数据家族及全新的蛋白搜索界面

    更多独有的蛋白结构家族数据库 (GPCR, Kinase, etc.) 并且里面包含了私有的结构数据

    在特定的蛋白家族数据库中进行结构、序列和配体相似度的搜索

    在大量的复合物数据库中进行蛋白-配体相互作用指纹图谱的计算