1.文档目的
ChemCurator可以提取专利文档中Compound 和Markush结构，本文档主要介绍Compound 和Markush结构的提取步骤。
2.实例化合物的提取
2.1 文档的导入
在ChemCurator的File>project 选择不同的文档导入方式。From file表示导入文档的pdf或者xml文档格式。如果是专利的话，可以通过Google patents的方法，输入专利号进行导入。也可以通过IFI Claims进行导入。
对于文件的导入，导入的时间和文档的大小有关，如果文档比较大的话，导入时间会长一些。
2.2 单个化合物结构的提取
文档导入完成后，可以看到化学名称和图片结构是灰色高亮显示，表示这个名称和结构已经识别。可以点击灰色的名称结构，然后可以看到软件界面的下方会出现相应的结构。
可以双击结构，打开Marvin编辑器对结构进行编辑
如果想要将感兴趣的结构收集并导出，可以新建一个compound list. 选中文档，右键选择New>Compound.
选择感兴趣的结构，将下方的结构拖到右侧的Compound List
软件会自动更加结构计算出相应的SMILES.如果点击选择compound, 软件会自动定位并返回化合物在文档中的位置，方便后续的检查和浏览。
2.3 批量化合物的提取
ChemCurator中提供批量结构提取功能，可以添加结构筛选的功能，将符合特定结构的化合物提取出来。方法如下：
可以对化合物的数量进行限制。也可以基于子结构，相似性结构来筛选，筛选出符合特定提问结构的化合物。点击Substructure 后，会跳转出Marvin编辑器用户导入提问结构
2.4 Compound的导出
对于compound list中的化合物，如果要做进一步的分析，可以导出各种常见的结构文件格式，包括sdf, mol,smi等
3.1 Markush骨架和R-Group提取
首先选中文档，新建一个Markush,然后利用OSR工具，能够识别文档中的骨架结构，将该结构拖拽到右侧的Scaffold中。系统会自动根据Scaffold的骨架生成相应的R-group的结构框。
我们只需要把相应的R-group拖拽到相应的R-group的结构框中，就可以完成整个Markush的提取。
选中相应的R-group,系统会自动返回到文档中的位置。
3.2 Markush的枚举
Markush提取完成后，可以对Markush进行枚举。枚举后的结果可以导入做进一步的分析
3.3 Markush结构的验证
当Markush提取完成后，我们可以把自己内部的化合物和现有的Markush进行比较，验证化合物是否被Markush的空间保护。
点击右侧的导入按钮，导入化合物的sdf或者mol格式，导入完成后，结构会有红色高亮和绿色高亮。红色高亮表示该化合物不在Markush的空间范围里。绿色高亮表示化合物落在该Markush的保护空间中。
点击红色高亮的化合物，可以查看该化合物具体哪个基团与Markush结构不匹配，从而做进一个的修饰。
