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我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
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上传时间:2016-04-19 17:40:43

高通量测序,比如RNA-seq,DNA-seq,会得到一系列reads,在得到后续分析比如基因融合,可变剪切,SNP的基础上,我们不免产生这样的问题:

l这些reads在基因组上如何分布?这些reads会落入哪些染色体区域,落入到哪些基因里面/附近?

lSNP发生在哪些位置上?

l基因融合,可变剪切都是以reads 在基因组的分布为基础的, 发生在reads上的证据是什么?

l多个样本、多组实验的reads在基因组浏览器上如何同时展示?

l同一批数据,如何在不同的数据库中去查看各自不同注释来排除错误的注释?

利用Strand NGS软件,您既可以获得RNA-seq,DNA-seq, small RNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq的数据分析统计,还可以实时在Strand NGS内置的基因组浏览器上去查看您获得的数据结果。

下图是Strand NGS独特的基因组浏览器的最基本的展示。在这幅图的左边是分析项目下各个分析实验的列表(比如一个大的项目中,有RNA-seq实验,DNA-seq实验),以及分析步骤得到的结果目录(比如差异基因分析,SNP寻找,基因融合)。图的右边是分析的流程,即不需要输入linux命令行,而是采用按钮方式来执行具体分析,比如低质量过滤,差异分析等操作,操作的结果会存放在图的左侧。就是说我们得到了一组差异基因/miRNA/RNA/DNA甲基化/组蛋白结合区域, 我们可以通过“Genome Browser Toolbar” 去查看/替换每条染色体/染色体某区域/某基因,或者我们可以定义一个区段/基因名称,来搜索其在数据库的基因组注释以及实验reads的落入情况; 通过“Genome View“可以查看/替换基因组所有染色体;通过”Chromosome View“可以对选定的染色体/染色体区域进行定位;通过”Region View“可以对某区域内部的Reads进行展示,对SNP,Indel,甲基化,基因融合,可变剪切等分析结果提供最直接的证据。通过对”Spreadsheet View“即分析结果双击,可以使基因组浏览器快速跳转至该区域的位置上来,使得分析和查看实时进行,不需要额外准备BED,SAM,VCF文件来导入其他软件进行可视化。

 

下图是对ChIP-seq分析的一个展示。在该分析中,使用了2个样本,一个是实验样本chip1862,一个是对照样本mock1862。这两个样本在1 号染色体上,reads的覆盖情况如下图红色的峰表示,峰高越高,代表该区段落入的reads约多。 在1号染色体上,有哪些转录本(蓝色汇集注释)以及基因(灰色汇集注释),1号染色体的定位(Chromosome view)都进行了展示。

 

reads在基因组上如何分布?下图是对reads 比对到基因组上的展示。 基因组参考序列表现为一条线,比对上的reads位于线的下方,用短条来

表示,条中的彩色代表了reads的某个碱基mismatch, 灰色代表碱基完全匹配;覆盖情况位于线的上方,覆盖到正链形成蓝色的峰,负链形成红色的峰。这些峰或者reads通过Ensembl数据库的注释(底下蓝色的长条)落入到了CHRNB2转录本上。

 

在RNA-seq 分析中,经常有reads的剪接,即一个read被比对到2个或多个位置,被灰色的线连接;对于pair-end reads, 则会被黑色的线连接。

 

当鼠标移至Read,可以知道这个read的具体信息:比如ID,比对到正链/负链,匹配情况,Read的质量分数,比对分值等等信息。

 

基因的各个转录本信息也可以得到体现,每一行即一条转录本,每条转录本蓝柱状的外显子被内含子以蓝色折线连接,转录方向可通过鼠标移至蓝色折线获得。 对于每条转录本,Coding区域被淡蓝覆盖。

 

再进一步点击外显子,会出现这些外显子编码的氨基酸序列。

 

可以通过加*,来查询某基因家族的实验情况。比如输入“brca*”同时可以查找brca1,brca2的reads落入情况,还可以通过选择不同的基因或转录组注释数据库进行结果展示。

 

如何在genome browser 基因组浏览器中查看跨越长为几十KB的novel splice junction(新的剪切),下图展示了ISYNA11 基因的新的剪切位置,以及reads 的支持情况。通过Strand NGS 软件,可以调整外显子/基因/区段之间的距离,使得跨越几十KB的junction得到展示。

 

下图的基因组浏览器的基因融合(gene fusion)信息,以及reads的支持情况。


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