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新闻资讯- 康昱盛
Mascot 2.7新版本发布!!
上传时间:2020-04-01 10:41:56
Mascot软件2.7版本已经发布,本次更新中有两个重要功能加入!

交联肽段分析功能

Crosslink(交联)是指两个或者多个分子通过共价键化学结合的过程,在蛋白质研究中,被广泛应用于阐明蛋白质三级结构和探讨蛋白质-蛋白质相互作用。在大多数情况下,这种连接是人工操作通过化学反应产生的,但也有天然的交联,例如在一对半胱氨酸之间形成二硫键。鉴定通过交联剂完整连接的一对肽比较有挑战性,如果可以连接的候选肽的数量是N,盲目地搜索将造成N的平方候选肽段问题。通常,这意味着数据库必须受到限制,例如可能只是两种交联蛋白质。二级谱中可能含有两种肽的片段,碎裂通常不如两条单独的肽产生的碎裂完整,特别是当连接的两条肽中,一种肽比另一种肽短得多时。Crosslink(交联)是指两个或者多个分子通过共价键化学结合的过程,在蛋白质研究中,被广泛应用于阐明蛋白质三级结构和探讨蛋白质-蛋白质相互作用。在大多数情况下,这种连接是人工操作通过化学反应产生的,但也有天然的交联,例如在一对半胱氨酸之间形成二硫键。鉴定通过交联剂完整连接的一对肽比较有挑战性,如果可以连接的候选肽的数量是N,盲目地搜索将造成N的平方候选肽段问题。通常,这意味着数据库必须受到限制,例如可能只是两种交联蛋白质。二级谱中可能含有两种肽的片段,碎裂通常不如两条单独的肽产生的碎裂完整,特别是当连接的两条肽中,一种肽比另一种肽短得多时。

1.支持完整交联肽段检测搜索
在新版的搜索界面添加了Crosslinking Method选项,用于设置交联肽段分析的具体方法参数。而相应的搜索结果会被导入xiView(可向康昱盛support@cloudscientific.com索取)。搜索的交联肽段主要有如下四种形式:
● Intralinks:参与交联的肽段均来自同一蛋白
● Interlinks:参与交联的肽段均来自不同蛋白
● Looplinks:互相联接的氨基酸存在于同一肽段上
● Monolinks:交联剂的一端与肽段相连,另一端游离
以下截图展示的是一对使用EDC(连接自由氨基和羧基的碳化二亚胺交联剂)进行交联的肽段的Peptide view结果示例。


2. Protein FDR信息
业内对于Protein FDR一直有两个流派,“没意义”和“要卡值”。熟悉Mascot的老用户们都知道,John Cottrel不怎么看好Protein FDR的评估,认为定义到底什么是假蛋白才是核心问题,而在这一点上达成真正的共识之前,protein FDR只是一种模糊的质量控制(含蓄地表示这个不够make sense)。近几年,考虑到业内不少杂志要求FDR(PSM/peptide水平和蛋白水平)卡值,新版本Mascot还是考虑给大家提供了一种Protein FDR计算方法提供的信息,但我们仍然不做Protein FDR卡值的设置。调用auto-decoy的搜库结果现将采用MAYU方法报道蛋白FDR(false discovery rate)。

3.Quantitation Summary导出至R,Perseus等
使用Mascot Daemo搜库时如果选择了定量方法,定量结果可以以导出CSV格式文件,每行代表不同蛋白,每列为不同样品的表达值。定量方法主要有如下三种:
●基于MS1相应强度平均值的非标记定量;
●基于同位素标记的MS1母离子定量,比如SILAC等,15N代谢标记,18O标记等;
●基于同位素标记的MS2报告离子定量,比如ITRAQ,TMT
Quantitation Summary的优势之一是使用与Mascot Protein Family Summary严格相同的蛋白推断。并且有一个Sample Map(如下图所示)用于添加样品标签,同时可以用于标注是否某些文件是馏分数据结果或者重复实验结果。比如同位素标记数据,可以标记技术性重复样品的轮换指定命名。如需查看更多的信息,请联系上海康昱盛技术支持。

4. 其他新功能
碎片离子价态
如果碎片离子的价态值放在二级谱峰列表的第三列,Mascot server会尝试将其看作单电荷离子匹配。
Error tolerant搜库过滤分子量变化互补的修饰
比如,如果一个离子较好地匹配为某氨基酸残基上加了16 Da, 那么附近的甲硫氨酸的氧化修饰会被过滤掉。
Mascot Daemon整合搜库结果
当需要多联合搜库,比如多馏分搜库时,这些馏分可以在Daemon中一起提交搜库,并且以整合的形式在网页中报道结果。
导出按质谱图采集排序的的谱峰列表MGF
通常我们会导出按母离子分子量排序的谱峰列表,现已支持选择按原始数据顺序,即质谱图采集先后排序。
解决了非标准化修饰在谱图库中命名的难题
新增了一个配置文件,把谱图库中修饰名称到映射为相应的unimod名称。
增加可变修饰上限
通过对待搜索的PSM的修饰数,修饰位点数,以及排列组合的总数分别设置上限优化位点鉴定功能。
定量代码转移至Mascot Parser
Mascot Distiller 和Mascot Server的定量源代码已经打包进Mascot Parser库,以方便程序脚本调用。