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我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
针对您的研究需求

我们为您选择最适合您的产品
上传时间:2017-07-14 17:36:07
MadFast是使用内存数据存储和优化多线程实现的超快速化学相似性搜索的高端工具包。出色的搜索性能将实时搜索的化学空间扩展到数亿个化合物。快速生成分子指纹和初始化时间短,以及大量的比较方法,为您提供优化相似性空间的可能性。MadFast是一个能提供多种接口的Java应用程序:命令行,REST API和Web UI。并且提供了大量文档和使用示例。
  • 产品特性
  • 产品演示
  • 常见问题
  • Madfast Similarity Search

    快速相似性搜索工具

    MadFast是使用内存数据存储和优化多线程实现的超快速化学相似性搜索的高端工具包。出色的搜索性能将实时搜索的化学空间扩展到数亿个化合物。快速生成分子指纹和初始化时间短,以及大量的比较方法,为您提供优化相似性空间的可能性。MadFast是一个能提供多种接口的Java应用程序:命令行,REST API和Web UI。并且提供了大量文档和使用示例。

    实时相似性搜索
    使用Web 用户界面可视化相似性搜索结果,可以体验大量结构的相似性搜索的实时响应。

    MadFast提供40个最相似的结构:
    - 约80 ms每1600万结构(在Amazon r3.8xlarge机器上使用1024位二进制指纹)
    - 约5秒每10亿个结构(在同一台机器上)
    - 每百万分子250-350 MB的内存使用量(使用1024位二进制指纹)
    - 每分钟准备(导入)100万个结构的速度。



    专用聚焦化学空间分析
    MadFast可以使用各种描述符、描述符配置和比较指标。 Web用户界面可以通过相异性分布直方图显示多个数据集的搜索结果。



    基于相似性的重叠分析
    通过快速多查询相似搜索实现,使得大型化合物库的相似性重叠分析(全矩阵计算)成为可能,可以达到数百万个化合物。

    100万对100万详尽的相似性搜索使用1024位二进制指纹需要花费:
    - 〜30分钟在c3.8xlarge AWS实例上
    - 〜8分钟在x1.32xlarge AWS实例上
    重叠的互动可视化即将在以后的版本中实现。