Mascot Server 2.6 正式发布
上传时间:2017-06-28 14:09:18
Mascot Server 2.6的新功能

谱图库搜索



这张截图展示的并不是Mascot软件针对Fasta文件的搜索结果,而是NIST MSPepSearch的搜库结果。Mascot Server 2.6整合了Mascot搜索和谱图库搜索两种搜索方式。
提交搜库任务时,您可以搜索任意组合的氨基酸Fasta文件、核酸Fasta文件以及谱图库文件。搜索完成后,您可以根据蛋白质家族的独有特征来查看和查询结果。这为将相关蛋白分类到蛋白家族中提供了优势。
数据库管理器对称地处理谱图库与Fasta文件。您只需点击几下鼠标,就可以自动下载、配置和更新许多公共库。借助灵活的数据导入过滤器,您还可以设计自动创建基于Mascot搜库结果的谱图库。

其他新功能

基于PSM或序列计算FDR
您可以选择基于PSM数目和基于不同的序列数目来计算FDR。

将Percolator的计算扩展到所有等级
我们过去只将排名第一的结果匹配到Percolator上,并按比例调整其他排名的结果。现在,我们给所有排名的结果都重新评分。那么,如果Percolator认为排名第二的匹配结果比排名第一的更可靠,那么就可以对最终结果进行调整。

数据库再压缩
在数据库状态中有一个新的链接,可以用于重新压缩数据库。并且,此过程无需停止Monitor服务或删除* .stats文件。

默认只报告具有显著意义的PSM
以前的版本中,如果不输入需要的分数(score)或期望值(expect value)的阈值,就会显示所有的匹配结果,这一点让许多人很困扰。现在,默认情况下只显示重要的匹配项。如果您喜欢之前的方式,仍然可以通过更改mascot.dat设置来实现。

为定量的倍数变化报告p值
这可以直观地看到变化倍数的可靠性。

报告13C校正后质量增差
这是一件小事情,却可以增加报告易读性。

Perl的副本
每年发布的Perl的新版本与旧版本不兼容已然成为一个噩梦。 Mascot现在安装了一个“私人”的Perl副本,可以满足某些其他软件对最新版本或旧版本的需求。

日常管理
Mascot现在内置了一个实用程序,可以计划性地删除以前的缓存文件,压缩之前的结果文件。

Mascot Daemon性能的提升



导出和导入数据库

利于备份,也便于更换数据库搜索引擎。

直接提交搜索任务
Mascot Daemon在Mascot服务器上运行时会使用命令行提交搜索任务,绕过Web服务器,这就可以避免IIS的4 GB上传限制。

更好地展示状态信息
Daemon状态选项卡显示更加完整的状态信息,包括完成百分比和一个可用于取消正在运行的搜索任务的按钮。

搜索任务可以连续运行
您可以将一个任务设置成在另一个任务完成时启动。状态树可以按日期、关键字、数据库等信息进行过滤。
当状态树中有几百个甚至几千个任务时,这一点就会非常有用。

自动导出XML格式的定量结果
当使用Distiller进行定量时,可以导出XML格式的定量结果。

更灵活的数据导入过滤器
可以移动或重命名谱峰列表文件,进而处理那些使用固定路径或名称的实用程序。