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上传时间:2017-09-25 14:09:04
ChemAxon的生物信息工具包,是一个基于网络服务的用来桥接复杂的生物分子对象的生物与化学部分的桥梁。对于各种不同的生物分子,例如肽链、寡核苷酸、蛋白、抗体-药物偶联物(ADC),包括那些包含有非天然的和化学修饰组分的生物分子,ChemAxon生物信息工具包能够提供序列级别和原子级别的非常明确的表达方式,从而能够对这些生物分子对象在数据库中进行存储、索引和检索。
这个工具包可以用来拓展已有的生物分子管理平台,或者来建立一个生物分子注册系统。它能够将特定的工作流程与业务逻辑进行匹配,来支持生物分子的标准化、注册和检索。
  • 产品特性
  • 产品演示
  • 常见问题
  • 生物信息工具包--生物分子管理平台的创建工具



    ChemAxon的生物信息工具包,是一个基于网络服务的用来桥接复杂的生物分子对象的生物与化学部分的桥梁。对于各种不同的生物分子,例如肽链、寡核苷酸、蛋白、抗体-药物偶联物(ADC),包括那些包含有非天然的和化学修饰组分的生物分子,ChemAxon生物信息工具包能够提供序列级别和原子级别的非常明确的表达方式,从而能够对这些生物分子对象在数据库中进行存储、索引和检索。
    这个工具包可以用来拓展已有的生物分子管理平台,或者来建立一个生物分子注册系统。它能够将特定的工作流程与业务逻辑进行匹配,来支持生物分子的标准化、注册和检索。
    应用领域

    基于肽链的治疗领域

     
    大多数天然的肽链序列在进入生物体后会快速的被清除,因此合适的候选药物通常是化学修饰过的序列,或者与化学组分相结合以减少降解或者降低肾清除率的序列。
    生物信息工具包能够支持线性的或者环状的肽链的清晰表达和注册。

    这个工具包提供了一个可检索的肽链目录库,包括天然的和合成的氨基酸,化学修饰和结合物。它也提供用于创建有针对性的虚拟库的工具,通过将锁定残基替代为天然的或者非天然的氨基酸,并结合后续的属性计算与筛选,从而实现基于一个给定的先导序列来快速的拓展结构的多样性。


    抗体与抗体-药物偶联物(ADC)



    抗体和抗体-药物偶联物以各种不同的格式存在,大多数情况下无法在原子级别来精确的描述它们。对这些分子实体的唯一表达方式只能通过在明确的结构特征(如抗体链的序列)或者模糊的结构特征(如给定载体的结合位点)的基础上,附加对分子某个部分或者整个分子实体的数值或文本注解,通常以属性和值成对的形式出现(如抗体-药物比例,即抗体偶联物的ADR)。

    生物信息工具包包括一个用于定义、保存和检索注解的功能层,这些功能可以支持在数据库中注册和检索唯一、复杂的生物实体的业务逻辑的定义。对于那些无法完全通过化学结构来进行表达,反而更依赖于描述(如粒子大小,运动模式等)的大分子组分,如量子点,染料或者其他的诊断标志物,我们保存注解的数据模式是对它们的表达进行有力支持的先锋。

    基于RNAi的治疗领域
     
    反义寡核苷酸和小干扰RNA通常是与它们互补的RNA底物序列杂交而成的的短核酸序列(12-22个残基),通过将自由底物的浓度降低到效应浓度阈值之下来使底物失活,或者对形成的RNA/DNA双相进行核糖核酸酶 H1的诱导降解。

    蛋白、反义寡核苷酸都易于降解,在核酸骨架上结合化学修饰则可以改变这种情况,例如在核糖的2’位置进行甲氧乙基化。通过生物信息学组件包,可以轻松的创建这种进行化学修饰的寡核苷酸,并以标准的形式进行保存、索引和检索。你的RNA候选分子的序列部分的信息仍然可以通过你喜欢的生物信息学工具来进行处理,而分子的化学特性也同时得到了保留。

     
    未知物的注册

    新药的开发,主要是通过特定条件下的生物靶点的识别和验证,接下来通过各种方式来模拟这个靶点,寻找候选药物,可能是小分子或者生物制剂。
    生物信息工具包提供了处理和注册复杂生物大分子及其相关数据的开箱即用的功能,这些功能可以很轻松的整合到其他的应用程序中。
    现在的趋势是建立一个可以同时容纳化学和生物实体的整合的平台,对不同的对象进行统一管理,而用户不需要对注册实体的类型进行明确的说明。这个系统可以作为各种化学或生物候选药物对象的统一入口。

    生物大分子注册解决方案的关键组件是一个概念引擎,它对所提交的各种对象进行阐释,而不会在意对象的提交格式,并将它推送到内部业务逻辑流程,直至最后存入数据库中。这要求系统有在各种注册对象的不同表达格式之间进行无缝转换的能力。



    系统构架
    生物信息工具包提供一个与JChem类似的Web服务 API框架,来支持通过常规的化学信息学和生物信息学工具都难以处理的复杂的生物分子的注册。这个工具包提供SOAP和REST API,这样在既有的IT框架中部署起来十分直接和灵活。

    生物大分子以及相关的数据存放在一个关系型数据库中,各个组分对应的化学结构,如各种氨基酸,则一起存放在数据库的JChem表格中。注册新的对象时访问数据库,更新已有的对象,删除废弃的内容等操作都通过Web服务API来控制。

    通过搜索引擎用户可以建立复杂的检索条件来检索已经注册的生物分子对象,并通过序列筛选器(如子序列检索)和化学结构筛选器(如子结构检索)的组合来对相关的命中结果进行进一步处理。

    相关的服务还包括基于生物分子的属性计算,以及不同文件格式之间的转换(如HELM,FASTA, MDL Mol V3000)等。

  • 生物大分子结构注册