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我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
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上传时间:2018-04-11 10:27:56
Markush结构,或者说广义化学结构,广泛用于在组合库和化学专利中定义大的化学结构空间。ChemAxon提供最先进的Markush技术,包括在Markush结构空间进行快速结构检索,化学结构枚举,化合物库重叠分析,自动Markush解析。所有Markuch分析功能都作为ChemAxon的JChem技术的拓展功能进行调用,包括JChem Base, JChem Cartridge, Instant JChem等。
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  • 常见问题
  • Markush Technology 虚拟化合物组合库和专利MARKUSH结构分析工具包
    Markush结构,或者说广义化学结构,广泛用于在组合库和化学专利中定义大的化学结构空间。ChemAxon提供最先进的Markush技术,包括在Markush结构空间进行快速结构检索,化学结构枚举,化合物库重叠分析,自动Markush解析。所有Markuch分析功能都作为ChemAxon的JChem技术的拓展功能进行调用,包括JChem Base, JChem Cartridge, Instant JChem等。
    ChemAxon Markush解决方案
     
    Markush结构表征

    ChemAxon市场领先的Markush结构表征技术支持所有重要的化学结构不确定性的表征,以处理组合虚拟库和复杂的专利Markush结构,例如原子列表,键列表,连接位点不确定的键,连接节点和重复单元等。更高级的特征,例如多位点连接的R基团,多重嵌套的R基团,R基团桥接,同源基团等,ChemAxon Markush技术也可以支持。ChemAxon mrv文件格式支持所有Markush特征的表达。



    Markush结构的绘制

    MarvinSketch和Marvin JS都是处理小的Markush结构的非常好的化学绘图工具,除非所定义的Markush结构包含数百的结构片段。Markush Editor设计用来创建和显示复杂的组合库和专利Markush结构。通过内置的Composer向导,用户可以自动生成Markush结构,并通过结构验证、枚举、选择性显示命中/非命中结构等操作,用户可以轻松的对Markush结构进行分析。


    Markush 结构的生成

    Markush结构除了手动绘制,还可以通过R基团解析或者Markush Composer自动生成。R基团解析功能可以从一个化合物库和所定义的公共分子骨架来自动识别所有R基团取代,然后自动生成一个R基团列表或者一个Markush结构。Markush Composer可以自动计算最大公共分子骨架来基于组合库或者专利生成Markush结构。所生成的Markush结构,覆盖源于起始原料的所有可能产物,成为产生新设想或者设计自己的专利Markush结构的理想起点。


    Markush结构枚举

    Markush结构枚举是分析Markush结构的强大工具,这个功能在JChem中进行了完全的整合。通过交互式的引导Markush结构的枚举,用户可以很快的评价某个Markush结构与他们需求的符合程度。目前可支持的枚举类型包括:完全枚举,局部枚举和随机枚举,组合库规格计算,同源枚举。



    Markush重叠分析

    Markush重叠分析是用于比较两个Markush结构的强大的自动分析技术。不论这些分子结构如何复杂,它都能够计算出两个Markush结构之间的重叠化学空间,重叠百分比和重叠化学空间的Markush结构表达都可以计算出来。


    Markush非命中结构显示

    Markush非命中结构显示是用于比较一个Markush结构和一个特定化合物的强大视图分析技术,它能够将提问化学结构与Markush结构式的R基团匹配和不匹配的部分都高亮显示出来。不匹配的部分可以轻松的识别出来并进行分析。


    在Markush化学结构空间进行检索

    Markush强大的结构检索工具可以在广义Markush结构定义的广大化学结构空间进行结构检索,而不需要明确的将所有化学结构枚举出来。这种方式使探索那些特别庞大的Markush结构空间成为可能,而通过传统的检索技术这是难以想象的。在通过多个子结构来检索Markush结构库的情况下,系统将首先进行重叠分析,为每个提问结构分别返回命中结果。ChemAxon Markuch技术现在还可以支持用户提交一个相对简单的Markush结构作为提问结构。提问Markush结构可以包含普通Makush结构所具有的各种特征,从而可以进行两个Markush结构空间的比较。


    丰富的视图功能

    命中结构的颜色设置和结构空间排布的自动调整可以让展示检索结果的视图更清晰。能够进一步改善视图的功能还有针对命中化合物的2D结构清理功能。用户可以选择只在视图中显示Markush核心结构,或者,将不相关的R基团从视图中排除出去,而只将必要的R基团和相关信息显示出来。更简洁的显示方式还可应用“Markush Reduction”功能来实现。


    工作流工具中的Markush结构


    工作流管理解决方案在日常研发工作中起到了越来越重要的作用。ChemAxon将 Markush结构分析插件部署到了KNIME和Pipeline Pilot这两个应用最广泛的工作流管理工具包中,包括Markush结构检索,Markush结构枚举,Markush结构自动生成等,从而使这些技术可以轻松的应用到最有实践价值的日常工作流程中去。