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上传时间:2018-04-11 10:24:19
JChem Oracle Cartridge通过Oracle本地的SQL语言为Oracle平台增加了化学智能。JChem Oracle Cartridge让用户可以灵活有效的方式基于SQL平台使用JChem Base丰富的管理和检索化学数据库的功能。
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  • JChem OracleCartridge —— 为Oracle增加化学智能引擎



    JChem Oracle Cartridge通过Oracle本地的SQL语言为Oracle平台增加了化学智能。JChem Oracle Cartridge让用户可以灵活有效的方式基于SQL平台使用JChem Base丰富的管理和检索化学数据库的功能。

    JChem Oracle Cartridge功能

    化学SQL语言

    JChem Oracle Cartridge的主要功能是支持在Oracle中通过本地SQL语言来添加、操作和检索化学结构和相关数据。大多数企业标准的化学文件格式都可通过JChem索引来进行本地操作。自动计算的理化属性和用户自定义分子指纹让用户可以创建和检索自定义的化学数据库。JChemOracle Cartridge创新性的拓展了JChem的核心功能,同时保留了Java平台的关键优势。化学结构能够被存储起来并进行超结构、子结构和精确结构等各种检索。使用各种分子描述符来自定义的相似性检索也可得到支持。

    丰富的功能

    除了化学数据库的管理和检索功能,JChemOracle Cartridge还提供化学格式转换功能,包括生成2D和2D的结构图片。它也支持通过Standardizer引擎进行化学结构调整,以及通过Reactor进行虚拟化合物库的枚举。在JChem Oracle Cartridge平台上还可以通过ChemAxon的Chemical Terms和CalculatorPlugins进行基于化学结构的属性预测和计算。另外,ChemAxon的Markush技术,包括所有的化学结构分析功能,也可以作为JChem Oracle Cartridge上的拓展组件来使用。

    通过JChem Oracle Cartridge调用外部服务

    除了JChem平台内置的各种功能,Marvin Service还提供将第三方化学结构处理工具/应用程序无缝整合到Cartridge框架中的功能。MarvinService可以在JChem Oracle Cartridge中通过jc_evaluate操作符来调用,可以轻松的访问外部的计算功能和基于网络服务的化学结构处理功能。


    JChem Oracle Cartridge体系结构

    高性能

    JChem Oracle Cartridge的化学智能来源于ChemAxon的核心Java库。Oracle通过调用在与Oracle RDBMS整合的特定的JRE环境中运行的Java存储过程来使用已有的Java库。为了弥补Java存储过程的性能劣势,JChemOracle Cartridge通过一个外部的可进行实时字节码编译的JRE环境—JChem服务器—来运行高性能计算功能。

    Oracle上的JChem Search技术

    从一个抽象的层面来说,JChem服务器包括两个主要的组件。JChem Base提供核心的化学功能(如JChem Core的逐原子匹配检索方法)并支持高级的数据库检索和更新功能(检索和更新引擎为JChem核心功能增加了RDBMS解析层)。JChemCartridge 适配器组件将JChemBase的外部界面翻译为JChem Oracle Cartridge与Oracle平台联系所需的命令。

    平台独立性和兼容性

    JChem Oracle Cartridge支持Oracle 11.0及以上的版本。它具有平台独立性,可在Windows,Linux,Solaris和HP-UX等各种操作系统上运行。JChem Oracle Cartridge可支持大多数常用的化学表达(SMILES, MDL, molfile(v2000和v3000), MDL SDF, RXN, RDF, MRV, IUPAC名称,InChI, Markush DARC, CDX),为化学结构的导入和导出提供了极大的灵活性。