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上传时间:2017-12-12 14:26:21
Strand NGS原名Avadis NGS, 来自知名软件厂商Strand,是新一代测序数据的分析、管理和可视化工具,可接受illumina,Roche454,ABI SOLID,Ion Torrent, Pacific Biosciences等测序平台的产出数据,支持Linux,Mac,Windows等操作系统。其设计团队为来自美国和印度的知名科学家。目前已经可以处理RNA-seq, ChIP-seq, 全基因组/靶向/全外显子测序,small RNA-seq,Methyl-seq,以及MeDIP-seq等从测序分析。
  • 产品特性
  • 产品演示
  • 常见问题
  •   


                    RNA-seq                                   DNA-seq                                      ChIP-seq


              Small RNA-seq                            MeDIP-seq                                   Methyl-seq


                                                                     分析可视化



    该软件的特色有哪些?



    软件电脑要求

    Windows: 32-bit or 64-bit
    Linux: 32-bit or 64-bit
    Mac: Universal

    如果您需要处理大约50M的reads,可以在32位操作系统,4G内存,2核CPU以及500GB硬盘上执行。 如果您需要做全基因组测序,或者样本的数量比较多,可以在64位操作系统,8G内存,4核CPU以及1TB硬盘上执行。

    Strand NGS 可以支持
    Windows - Windows Vista, Windows 7, Windows 8, Windows 10 
    Linux – 已经在Red Hat Enterprise Linux (up to v6.5) ,Debian GNU/Linux up to 8.0都测试通过,其他Linux都可行。
    Mac OS X – 目前至 Mac OS X 10.11 (El Capitan),低版本也可以接受。

    账号类型

    Individual or Desktop Licenses:单机版本,账号许可证在一台电脑上绑定。
    Shared or Floating Licenses:本地服务器上安装许可证,多个客户端可共享。
    Strand NGS Server Edition:除了分析功能,还具备应用与共享、集中存储、用户访问控制、远程作业执行和自动备份功能。

    软件经典案例(所有发表文章请参阅相关下载--StrandNGS 发表文章列表)




    软件国际评价






  • 软件安装:

    Windows双击安装文件StrandNGS_windows.exe。
    Mac需要先下载安装文件StrandNGS_mac.zip, browser可以自动解压缩,一旦解压缩,可以根据提示安装。
    在Linux环境中,需要打开terminal(linux操作终端),运行目录切换至StrandNGS linux.bin存放目录中,运行 ./StrandNGS_linux.bin. 就可以在在图形界面的提示下进行安装。
    Mac 和Linux要求一定要安装在普通user(normal user)的帐户下。一旦安装成功,就需要输入license 来启动程序。

    软件激活:需要输入OrderID, Help—License manager中输入即可。



    软件更新:Help—update Product—from strand server(在线)/file(本地).



    注释更新:Annotations—Annotations Manager—List ; From Server:通过网络更新注释    From File:通过本地化文件更新注释。





    创建项目:在主页面上点击New Project。


    创建实验:

    创建好Project, 不用关闭,点击下一步,会出来此图, 即创建实验。
    如果需要输入的是fastq|fastq.gz: 如果是DNA测序(含外显子测序和靶向测序)或者ChIP测序,就选“DNAalignment-ChIP-Seq/DNA-Seq”; 如果是RNA测序(含单链,双链,链特异性),选“RNA Alignment “ ; 如果是测小RNA, 就选SmallRNA Alignment;
    如果输入的是已经比对的文件SAM/BAM/bed/txt(已经比对过的), 那么根据分析类型,选择ChIP/DNA Variant /Methyl/RNA/small RNA seq。



    在当前Project里面加一个实验,“New Experiment”;想加入以前实验选择“add experiment “



    数据导入:

    Fastq 格式的导入:





    SAM/BAM/bed/txt(已经比对过的)格式的导入:





    主页面:

    整体看:1) Menu bar 菜单栏 2 )Tool bar 工具栏 3) Workflow Browser 流程操作界面 4 )Navigator 导航栏 5)Main Window 主界面6 )Status Bar  状态栏 7) Legend 图例。


    质控与过滤:

    比对前的QC



    比对后的QC


    过滤reads




    DNA-seq:

    目标区段重测序/全基因组测序/外显子测序


    局部重新比对



    工作流的执行



    变异可视化



    找到显著的SNP



    结构变异分析



    拷贝数变异分析



    ChIP-seq:

    峰(peak)的寻找



    基序(motif)的检测



    多样本比较



    工作流执行



    RNA-seq:

    用Strand NGS进行比对



    表达分析



    差异剪切



    基因融合以及新的转录本



    GO/通路/网络分析:

    GO分析



    通路分析



    网络分析



    基因组浏览器:

    查询染色体Reads 落入情况



    查询感兴趣基因read落入情况




    多组学/多实验 reads展示 



    Gene view & Variant view





  • Strand NGS可以接受的数据格式有哪些?

    可以接受测序的原始数据fastq文件以及其压缩格式fastq.gz格式,以及比对后文件比如SAM,BAM或者ELAND格式的文件。也可以接受分析后文件,比如变异分析VCF格式或者定量结果TSV文件。



    Strand NGS支持比对reads么?

    可以。 我们的比对器COBWeb应用了基于BWT转换的算法, COBWeb可以接受和优化长以及短的reads进行比对, 也可以处理各种长度以及各种文库构建的reads;可以对gap和错配的个数进行自定义;对截掉接头、低质量、设置过滤库来过滤reads进行参数设定。

    需要多久来导入我的数据?

    数据加载时间取决于计算机硬件。在这种电脑配置下,需要花费3个小时倒入150M的Reads个数 here。
    在RNA-seq数据分析中,和其他软件相比,区别在于为了确保非唯一比对的正确, 在导入数据的过程中Strand NGS软件有一个额外的步骤,基于Mortazavi等人的这篇文章- http://www.nature.com/nmeth/journal/v5/n7/abs/nmeth.1226.html,最好的方式是把非唯一比对reads基于基因唯一比对reads的比例进行分配,在这一个过程中需要占用更多的时间。

    Strand NGS软件支持分析什么类型的数据?

    可以分析以下6种:包括比对(DNA,RNA,小RNA),DNA全基因组/外显子测序,RNA转录组测序,甲基化测序来发现甲基化的胞嘧啶及甲基化区域,ChIP 测序来研究组蛋白/转录因子结合位置以及小RNA测序。

    软件的试用一般是多少天?

    软件从激活开始试用时间为20天。如果您对这款软件非常感兴趣,希望更加深入的研究和购买,请及时和我们联系marketing@cloudscientific.com

    如何掌握Strand NGS软件的更多功能?

    您可以申请软件的试用,我们的应用科学家会辅助您解答实际问题。此外,您如果有实验数据, 我们可以远程协助您安装和解决数据问题。我们也在网上放了相关分析资源视频,操作手册等辅助您对软件的应用进行理解。

    我可以同时看好几个基因组区域么?

    我们的基因组浏览器可以支持您同时在一个界面展示多个基因组区域。这对研究基因融合,新的剪切以及大的结构变异有很大的好处。

    操作可以自动化执行么?

    Strand NGS 提供了多个分析步骤可以打包到工作流的功能,而且可以在后台执行。当这个工作流在后台执行时,用户可以接着操作软件。
    数据在分析项目之间联用,是否需要再一次导入?

    如果某数据以前曾经导入进Strand NGS, 则可以直接选择“Choose Data” 按钮选择文件,而不需要再一次花费时间来重复导入数据。

    如何导入注释文件?

    注释文件可以直接通过软件在线下载:
    using the Annotations > Annotations Manager dialog.
    如果您有特殊的物种, 在线没有,可以联系我们协助导入。

    为什么我的数据倒入Strand NGS软件的时候,会出现问题?

    当要开始导入数据进软件时,需要注意选择正确的格式, 到底是SAMBAM/ELAND格式,还是原始数据FASTQ等等。如果问题还是存在,请及时联系我们marketing@cloudscientific.com

    如何为我的数据备份?

    用户可以将一个项目中的多个实验结果导出为tar格式,日后可以将这个文件再次导入到软件中。需要提醒的是,注释无法直接导出。
    如果把所有的文件进行硬盘备份,则需要通过以下步骤:

    1. Go to Tools -> Backup Repository.
    2. In the pop-up, browse to the location on your machine in which you have enough of space and give the backup folder a name and click on Ok.
    3. This process would take some time depending upon your data size.
    4. Once completed, copy this folder from the mentioned location to an external hard drive. Please do not disturb the structure of the folders and files within the Backup folder.
    5. When you have access to the new machine, copy the backup folder from the hard drive. Install Strand NGS, launch Strand NGS and goto Tools --> Restore Backup . Ensure that the drive where you have the tool installed has enough space before restoring the backup.
    6. Point to the backup folder [do not go inside the folder] and click on Ok . Click "Yes" in the confirmatory message. Allow the Restore to progress to completion.


    如何对我的软件进行更新?

    当软件出现了新的版本,软件会自动跳出更新要求;或者用户可通过 Help—Update Product进行版本更新。

    软件账号是否绑定电脑?

    帐号同时只可以登录一个用户。比如用户想换电脑,这个时候需要提前把这个账户进行“surrendered” 在当前电脑,然后才可以输入到其他电脑上。

    最低的电脑配置要求如何?

    如果您需要处理大约50M的reads,可以在32位操作系统,4G内存,2核CPU以及500GB硬盘上执行。
    如果您需要做全基因组测序,或者样本的数量比较多,可以在64位操作系统,8G内存,4核CPU以及1TB硬盘上执行。

    Strand NGS 支持什么操作系统?

    Strand NGS 可以支持 Windows (Windows XP, Windows Vista, and Windows 7), Mac OS X (Leopard (10.5.x), Snow Leopard (10.6.x), Lion (10.7)),  Linux (Red Hat Enterprise Linux (5.x), 以及 Debian GNU/Linux 5.0) platforms.