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  • StrandNGS Version3.0的更新说明的相关介绍
  • StrandNGS Version2.9的更新说明的相关介绍
  • 通过Genevestigator,在医药、动物及植物领域,可以研究药物和疾病的基因功能或机制;靶标和生物标志物排序;分析基因共表达网络等
  • 如何引用Genevestigator
  • 基因组学数据注释解决方案 人类基因组数据注释工具-GenecardsSuite 是一个全面的,综合的收集所以已知的或者预测人类基因数据库和分析工具。它整合跟基因相关的基因组、转录组、蛋
  • 基因组学数据分析解决方案 临床大数据解读云平台Tute Genomics Tute Genomics可以迅速并准确的注释人类基因组数据。Tute可以接受全基因组,全外显子组,Gene Panel的分析和报告,提供图形界
  • Strand NGS RNA-seq
  • StrandNGS DNA-seq
  • StrandNGS small RNA-seq
  • ChIP-seq +Methyl-seq
  • StrandNGS Version2.8的更新说明的相关介绍
  • StrandNGS Version2.7的更新说明相关介绍
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  • StrandNGS Version2.1的更新说明的详细介绍
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  • StrandNGS 近期发表文章
  • Geneanalytics软件利用最全面的Genecards四个知识库,去除了多个数据库中的冗余信息,跨越多个知识库并整合了文献信息,对相关的疾病,通路,组织和细胞特异性表达,功能,通路,药物/代谢物等打分,对分析结果进行实时筛选和优化,并给出证据链接。
  • VarElect通过其强大的知识库(GeneCards领先的人类基因数据库,MalaCards疾病数据库,LifeMap-Discovery再生医学数据库,以及PathCards人体生物通路数据库)可以快速筛选与感兴趣的表型/疾病具有直接或间接关联的基因,并给出证据链接。
  • Malacards是一个全面的人类疾病数据库。它整合了68个网站的19,999 条疾病条目, 整理归纳成关于动物模型, 药物与治疗,疾病相关基因,文献,变异等信息。
  • Genecards是以色列的Weizmann研究所基因组研究中心开发的,通过二十多年的研发和积累,它克服了上百个数据库自身格式的局限,整理归纳了基因表达,功能,位置,通路,变异,同源基因,疾病和相关参考文献等各种信息,收集整理了上百个网站的内容,并将它们合理地系统地整合到一起。到2016年8月份Genecards已经收录并整理了149,991个人类基因的数据。
  • ChemCurator应用案例:从化学文献中提取化合物信息 化学或者制药行业的研发人员,经常要长篇累牍的阅读化学期刊或者专利文献。文献中有很多有价值的化合物及相关信息(如理化性质、生物活性数据等),需要提取出来进行分析和研究。但是提取这些信息是个十分艰难的过程。很多研发人员会借助一些化学领域的专业数据库,如Reaxys或者Scifinder,从中查找所需的文献和相关的数据。但是很多时候这些数据库并没有十分完整的提取到我们所需的数据,有时候从文献中自行提取化学结构和相关数据是无法避免的工作。 人工从文献中提取化学结构是费时费事的工作,一篇专利文献中经常包含有几百个化学结构。为了支持这个艰难的过程,ChemAxon 以Chemical Naming (Name to Structure)技术为基础开发了ChemCurator,按照我们从文献中提取关键信息的常规流程来对化学文
  • 化学领域的科研人员经常在工作中遇到要将一批CAS编号或者一批化合物名称转化成化学结构的工作。甚至是将一篇冗长的文章或者专利中的化合物信息提取出来。手动操作是十分费事、费时的。如果能够找到合适的工具,将这个工作简化,甚至完全自动化,将是各位化学家的极大福利。 ChemAxon的Chemical Naming技术就是可以批量将化合物名称与化学结构相互转换的技术。它包括N2S(Name to structure),S2N(Structure to Name 以及D2S(Document to Structure)等多种形式的操作。在JChem for Excel中调用这个功能,操作起来十分简单。只要在Excel表格中选中需要转换的CAS编号或者化合物名称,然后在JChem菜单中点击万能的From any Text按钮,所有的操作就完成了。
  • 化合物信息管理 化合物信息管理是整个药物研究开发的基础。化合物结构和相关信息的存储/维护与查询/浏览,信息的访问、共享和安全控制,是化合物信息管理的核心问题。 InstantJChem是一个跨平台的桌面应用程序,面向化学家和生物学家而开发,使用起来非常容易方便。用户可以轻松地管理数以百万条化合物信息,并可以实现结构/非结构信息的组合查询,用户还可以在InstantJChem里计算各种化合物属性值和拓扑信息。使用InstantJChem,您可以在本机建立化合物数据库,或是利用MySQL或Oracle建立中心数据库,供远程终端机器来访问。您还可以计算分子的pKa, LogP, LogD, IUPAC Naming等属性值,并将这些信息加入到数据库里进行更新。您可以利用ChemAxon特有的化合物结构、子结构搜索技术来进行化合物结构的搜索。您还可以导入导出多种格式的文件,例如SD、RD、
  • 基于JChem Base的开发框架可以支持更多类型的数据库,如MySQL, SQL Server, DB2等。与基于JChem Cartridge的开发框架不同的地方是此时不能通过SQL脚本来处理化学结构,对化学结构的任何操作都通过从应用界面调用JChem Base类库中的函数来实现。
  • 药化领域的研发人员,在每天的日常工作中需要不停的和化学结构打交道,以期找到有前途的药物先导化合物。ChemAxon作为业界领先的化学信息学应用供应商,为药物化学科学家提供了一系列最先进的支持研发的桌面工具,来推动更智能、更快、更有效的先导化合物发现流程。
  • 随着互联网技术在商业和工业中越来越广泛的应用,在网页上绘制、显示、处理化学结构有时是十分迫切的需求。例如化学试剂或者API供应商通过网站来为客户提供试剂目录信息,在网页上进行化学结构的检索和浏览是十分必要的功能。一些科研机构积累了大量化合物和相关的科研数据,希望通过网络平台为外部合作伙伴或者公众提供这些信息,同样也需要在网页上进行化学机构的显示、检索和浏览等操作。
  • Marvin Suite绘制、显示化学结构和浏览数据的直观应用和API。绘制化学结构:强大快速的分子、提问分子和反应的绘制;属性预测:在画板上直接计算分子属性;转化化学文件格式:各种常用化学文件格式之间的快速转换;简洁可视化:2D和3D结构的精确可视化。
  • WBRS生物实体注册系统用于对研发机构的所有生物实体进行统一注册并分配唯一编号,用来识别每个生物实体。此案例将介绍在WBRS生物实体注册系统中进行单克隆抗体注册的详细流程。
  • 利用Strand NGS软件,您可以获得RNA-seq,DNA-seq, small RNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq的数据分析统计,也可以实时在Strand NGS内置的基因组浏览器上去查看您获得的数据结果。
  • 在各种类型的科学文献中,如专利、期刊文献、企业内部文档中,封存着巨大的化学空间。这些化学信息以文本或者图片的方式分散在文档中,收集和分析这些信息是制药企业做药物研发决策的巨大挑战。
  • 初创企业药物研发信息学解决方案为初创企业提供经济便捷的药物研发信息学解决方案。孵化期的初创企业的研发人员同样需要功能强大的化学信息学工具,但又受限于有限的经费和时间。ChemAxon为初创企业提供了获取这些工具的便捷途径。
  • 质谱数据管理解决方案 针对蛋白质组繁杂且大量的实验数据和分析结果,该方案提供了一套可通过工作流形式完成自动化数据管理及数据挖掘的完整途径。不同于传统的通用性的LIMS系统,质谱数据的管理系统是一个在功能上完全预先定制好的,有很强针对性的管理平台。
  • 针对一个新的药物靶标,虚拟筛选有时会失败,而从头药物设计提供了一种全新的基于结构药物设计思路和方法。此案例将详细介绍武田制药的科学家如何使用MOE进行阿格列汀的设计和优化。
  • 本案例将通过一个经典案例介绍如何使用虚拟药物筛选技术发现一类新颖的p75-HIV 整合酶抑制剂。通过此案例,关注新药研究的科研人员可以了解并熟悉这类技术,并将其运用到自己的研究工作中去。
  • 本案例将详细介绍,如何通过MOE软件以及我们研发的人源化抗体设计模块,针对一种鼠源单抗成功进行人源化改造设计。通过该案例,关注并从事抗体药物研发的科研人员可以了解并熟悉这种技术,并将其整合运用到自己的研发流程中。
  • 本案例将详细介绍Derek与其它三个常用软件Toxtree、MC4PC和Leadscope MA在对化合物遗传毒性预测中的比较,以及对八个公司在进行杂质毒性预测的实际运用进行了调查。
  • 本案例详细介绍如何通过MOE 的Protein Design 的全新模块来进行抗体突变后蛋白结构的变化以及突变后和抗原亲和力的变化。通过预测突变后和抗原的亲和力变化来知道挑选合适的突变位点。通过案例研究,能 为从事蛋白类药物研究的科研工作者提供解决问题的新视角,并将其整合到自己的研发流程中,从而提高研发效率。
  • iTRAQ (Isobaric tag for relative and absolutequantitation)和Tandem mass tags(TMT)是目前应用最广泛的两大类化学标记定量技术,其原理一样,区别在于分别由AB和Thermo公司开发销售。
  • 如何使用Scaffold导入翻译后修饰数据?
  • 如何使用perSPECtives来分析复杂分组数据 数据导入?
  • 如何查看Scaffold定量结果
  • 如何查看Scaffold定性结果
  • 如何使用Scaffold导入定性数据
  • Scaffold来自于美国Proteomesoftware公司,是一款著名的可视化与验证质谱搜库结果的软件。它能够导入分析目前大多数搜库软件的检索结果,并能对来自于不同软件、不同仪器、不同实验的结果进行自由组合与可视化评估并导出各类详细报告和图表,是分析搜库结果最佳、最便捷的软件。
  • 如何使用Scaffold导入定量数据 定量数据导入总体方法与Scaffold相同,相关兼容性和操作说明均可在定性方法说明中找到。唯一的区别在于新建project时选择正确的定量技术即可。不同类型的定量数据所需要的结果格式不同,尤其是Silac定量方法需要一级谱峰信息,所需的文件与普通定性、iTRAQ定量等不同。
  • iTRAQ (Isobaric tag for relative and absolutequantitation)和Tandem mass tags(TMT)是目前应用最广泛的两大类化学标记定量技术,其原理一样,区别在于分别由AB和Thermo公司开发销售。 简单来说,iTRAQ、TMT技术的原理是依赖于肽段末端不同的同位素标记以区分样品,二维色谱有效分离,对标记试剂所携带的报告离子强度进行计算以匹配对应肽段量,整合各定量肽段的信息以得出蛋白整体变化趋势。 iTRAQ、TMT技术的优点在于实验流程简单,可以同时标记2-10个样品、样品类型适用性广。缺点在于价格较为昂贵,对LC-MS体系稳定性,分离效率,仪器优化要求较高,定量动态范围较低,低丰度蛋白定量准确性较差。 无论是研究者本人进行iTRAQ、TMT实验还是委托他人进行实验,在进行数据分析或查看分析结果前,都需要对标记效果、LC分离效果进行质控评估,在查看定量结果时,也
  • Mascot 翻译后修饰设置技巧 Mascot 中大部分的复杂操作都跟修饰相关。除非你知道你想要找的是何种修饰,要不然要找到关于如何设定修饰的信息是很困难的。本文将详细讨论相关内容。
  • 本文介绍了蛋白质组学数据分析所需要的软硬件环境及其配置对处理速度的影响
  • 蛋白质组数据分析软件方案 Mascot Server MASCOT Server是基于质谱数据的蛋白质鉴定软件 蛋白质组学是针对特定生理状态下细胞或者组织中蛋白质数量及种类的研究。
  • 功能组学软件解决方案 Elements 直接对接 NIST、 HMDB 等标准化代谢物数据库,高通量的定性、定量代谢物 LCMS 数据,提供一整套可视化、统计工具进行代谢物鉴定及定量分析研究 SimMet SimGlycan SimLipid 等。
  • 基于蛋白质、代谢组的生物信息学分析软件 基因信息数据库 Genecards数据库收集了100多个和人类基因注释、通路、试剂等方面相关的公共数据库 提供了一整套基因学背景信息查询服务。
  • 这个范例使用了StarDrop的一些功能探索一系列化合物的多参数优化;特别是probabilistic scoring、交互式design和Glowing Molecule,以及可选择的torch3D和ADME QSAR模块。
  • 化合物毒性预测在整个药物筛选过程中具有重要的作用。从早期先导化合物筛选,到先导化合物优化;从临床前药物安全性评价,到临床药物毒性评估;从药物生产环境安全,到包装杂质毒性评估,均可利用 Derek软件辅助进行研究。Derek是世界上使用最为广泛的毒性预测软件工具,其用户遍及全球各个制药公司、化学制品公司、科研机构和食品药品安全监督管理机构,是FDA和EMA法规中推荐使用的化合物毒性风险评估工具。
  • Lhasa公司提供的一系列产品能全面支持化合物的毒性、代谢、强降解等性质的预测,能助力早期研发及后期的药物申报。最新的ICH M7要求运用符合OECD要求的软件来控制药物中含有的杂质的致癌性风险,通过Lhasa 的一系列产品可以完美的符合法律法规的需求。
  • 已知药物靶标三维结构,虚拟药物筛选通常的虚拟筛选由以下步骤组成:1. 靶点三维结构获取/构建;2. 活性位点确认;3. 药效团模型建立;4. 小分子数据库制备;5. 药效团筛选;6. 对接筛选; 7. 人工挑选分子进行生物学检验。
  • 药物进入人体后,很可能作用于多个靶点,而不是单一靶点。同时弱作用于多个有效靶点的药,有时甚至会比强作用于单一靶点的药效果要好;药物作用靶点倘若是体内某个网络核心节点,那么很可能会体现出毒性;药物作用靶点倘若是体内网络的边缘节点,那么效果会比较差只有作用于体内网络中间节点的,效果会比较好。
  •   康昱盛信息科技有限公司提供多种工具及解决方式帮助药物化学家及设计专家优化化合物的多种属性。药物设计、分子模拟全功能软件包MOE提供灵活的可交互互动的界面辅助药物化学家进行各项属性优化。同时StarDrop作为化合物多元优化选择工具,通过极佳的界面及预测准确性能全面支持化合物优化及设计。
  • 本案例详细介绍如何通过MOE 的Protein Design 的全新模块来进行抗体突变后蛋白结构的变化以及突变后和抗原亲和力的变化。通过预测突变后和抗原的亲和力变化来知道挑选合适的突变位点。通过案例研究,能 为从事蛋白类药物研究的科研工作者提供解决问题的新视角,并将其整合到自己的研发流程中,从而提高研发效率。
  • 基因组学数据验证解决方案 引物设计工具-PREMIER Biosoft Premier Biosoft 为生命科学研究提供创新而强大的分析工具,涵盖基因组和质谱领域数据分析,助科学家开展更深入的科学研究。 A