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我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
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上传时间:2016-04-13 16:17:07
如何查看Scaffold定量结果
  • 分析结果是ITRAQ、TMT的时候可以用Scaffold Q+进行定量数据分析,分析结果是Silac、二甲基化标记数据的时候可以用Scaffold Q+S进行定量分析。分析流程以上两者是基本一致的。结果查看方法如下,在确认定性结果无误,设定好质控阈值后,点击Scaffold界面中Q+按钮,即可切换到定量模式下进行实验设计和查看
  • 分组实验设计
在弹出的实验分组窗口中设计分组,每种分组均可添加任意多种,来自于任意一次重复的定量通道。如果Reference通道有多组数据,或者整个项目包含多次重复,我们需要在下一步的操作中先进行参数设置。




  • Quantitative Settings是Organize Samples之后首先需要确认的参数设置面板

  • Minimum Dynamic Range可以评估定量信息在质谱中的强度分布,从而判断信噪比是否可靠

  • Quantitative Testing 定量结果统计检验


对定量结果进行统计检验,具体差别请参考Help,简单的说,在中位数定量方式的分析中,Mann Whitney 独立样本非参检验适用于两组实验设计,评估其中结果的差异显著性;Kruskal-Wallis 非参秩和检验适用于多组实验设计 Permutation Test可同时用于中位数和平均数定量的分析,用于评估多个Category间的差异显著程度,是以上两种检验方式的备选;Bonferroni     Correction用于降低检验结果的假阳性率,但是可能会导致较高的假阴性,因此需要仔细分析分别进行和没进行校正的Mann Whitney和Kruskal-Wallis检验的结果,来判断是否需要进行校正。
  • 查看定量结果

  • 单个蛋白定量信息查看,双击感兴趣的蛋白即可切换至对应蛋白定量信息界面

  • Statistics:定量信息整体分析

  • Publish,与Scaffold类似,生成定量分析步骤描述文字,并导出定量结果报告文件,Export菜单下同样可以导出各类型完整的报告表格文件