• 相关产品 +
  • 相关服务 +
  • 相关应用 +
  • 相关案例 +
  • 相关下载 +

咨询信息

我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
针对您的研究需求

我们为您选择最适合您的产品
上传时间:2016-04-13 16:17:44
如何使用Scaffold导入翻译后修饰数据
  • Scaffold Export mzIdentML功能中选择 Scaffold PTM analysis即可导出与Scaffold PTM兼容的分析数据,同时基于Precursor原理的非标记定量信息也可以

  • 打开ScaffoldPTM,新建project后Queue files for loading时导入以上导出的文件即可分析其中翻译后修饰的信息

如何查看Scaffold翻译后修饰结果
  • Scaffold使用A-Score算法进行后修饰位点评估各个翻译后修饰的位点可信度,并对结果进行非标记定量
  • PTM List界面展示了整体翻译后修饰位点的数量及其在各个蛋白中的分布,双击相应蛋白后会展示具体信息

  • Proteins界面展示了某个蛋白所有后修饰位点及其置信度打分结果

  • Motif界面帮助分析结果中的Motif分布

           首先在Edit菜单下的Preference中设置motif的背景数据库
  • Quantitation 模块对来自于不同分组的结果进行非标定量,ScaffoldPTM支持其内建的基于谱图计数的非标记定量,如果原始数据为Mascot Distiller或Maxquant或Spectrum Mill的基于Precursor非标记定量数据,就可以进行PTM Quantitation分析,针对每个修饰位点得出其定量信息。