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我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
针对您的研究需求

我们为您选择最适合您的产品
上传时间:2016-09-29 16:39:40
原始数据导入、比对以及质量控制

完整的注释系统

 提前封装多个标准物种的基因与转录注释,来源包括UCSC,RefSeq和ENSEMBL等。
 来自于dbSNP的SNP注释,来自于dbNSFP的SIFT/Polyphen注释,小RNA注释,miRNA靶标预测数据库,筛选数据库等等。
 可以从gbk/gtf文件或者FASTA文件创建其他物种的注释。



导入数据

  文件格式–FASTA/FASTQ,SAM/BAM。
 文库构建包括:SingleEnd, Paired End, Mate Paired以及Directional Layouts。
  可以支持的仪器平台包括:Illumina,Ion Torrent,ABI SOLiD,PacBio等等。



用StrandNGS比对器进行原始数据比对

 对小RNA,DNA-Seq,ChIP-Seq以及RNA-Seq原始数据进行比对。
 对于特定的重测序的应用进行目标区域比对。
 可处理各种长度的读长,任意的Gap数、错配数、以及配对读长。提供多个选项:修剪接头,低质量的碱基,以及过滤的数据库。
 在内存64GM的机器上针对hg19每小时每个CPU可以比对大约8百万条DNA Reads。



质量控制图

 碱基测序质量/碱基组成
 碱基/reads质量分布频率
 reads长度分布频率
 tile 的碱基质量/alignment 质量检测
 alignment score 的质量分布
 RNA靶向测序的质量检测



质量控制管理: library QC

 多项质量控制内容包括比对前QC,比对后QC,illumina测序平台QC,建库QC
 对每例样本自动生成QC文件
 以PDF格式导出QC报告



质量控制管理:目标序列捕获测序QC

 有效的分析靶向序列捕获测序实验数据
 目标区段范围内的质量控制
 评估各个测序样本在目标区段的reads覆盖情况



过滤低质量reads

 通过Reads的质量分值进行过滤
 保留感兴趣的序列区段
 设置一定标准过滤重复、比对到多个位置的reads