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我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
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上传时间:2017-01-12 15:26:18
Small RNA-Seq 数据分析

比对,质量控制和过滤

 用StrandNGS比对器进行原始序列比对
 在比对过程中可以截掉3端接头
 reads在各个基因区域和小RNA种间的分布



定量和归一化

 计算已知基因,新的基因以及成熟的miRNA的表达值
 可以提取与成熟的miRNAs的5’端完全匹配的Reads
 计算时考虑Padding以及多重mapping的读取
 DESeq,TMM,Quantile,以及基于样本记数的归一化方法
 用小RNA基因视图来可视化定量结果



miRNA靶标分析

 利用TargetScan,PicTar, TarBase, microRNA。org, 以及PITA数据库进行靶标富集分析
 找到多个数据库共同的靶标
 对一系列靶标的mRNA基因进行下游分析(GO,GSEA,Pathway分析)



全新的小RNA发现

 预测新的 miRNA, snoRNA, scRNA, tRNA。
 通过置信打分和保守打法找到高可信度的预测结果