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上传时间:2017-01-12 15:22:50
ChIP-seq数据分析


用Strand NGS进行比对

可以处理各种长度以及各种文库构建的reads
 可以对gap和错配的个数进行自定义
 对截掉接头、低质量、设置过滤库来过滤reads进行参数设定



峰(peak)的寻找

 检测那些与对照组相比在ChIP样本中富集的区域
 用PICS检测转录调控位点的Peaks
 找到那些被转录结合位点调节的基因
 用MACS来检测组蛋白调控位点



基序(motif)的检测

 用GADEM找到在检测到的Peak区域的Motifs
 导入peak 区域用以检测motifs
 导入JASPAR格式的motifs
 筛选整个基因组或者在感兴趣的区域的motifs



工作流执行

 工作流在后台运行
 分析的工作流包含过滤和峰的寻找
 工作流支持原始的比对以及直接导入第三方产生的比对后结果
 工作流可以定制



GO 分析与通路分析

 寻找检测区域(如SNPs,SVs,Peaks)受到影响的基因
 GO富集分析用以检测富集基因的Ontology条目
 Single Experiment Analysis (SEA)单实验分析
 Multi-Omic Pathway Analysis (MOA)多实验多组学分析
 应用wiki //BioPax pathways,或者用自然语言处理从Pubmed的摘要里得到的相互作用数据库,并可以进行相互作用网络分析