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我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
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上传时间:2017-09-25 16:08:10
药物研发项目管理应用案例
——基于ChemAxon Instant JChem技术平台的药物研发项目管理

 
随着政府在科技创新方面的不断投入,以及国内制药行业对自主研发越来越重视,药物研发科研单位或者制药企业的药物研发项目越来越多,累积的科研数据也越来越多。随之而来的新课题是如何在能够有效的保护知识产权的前提下,在研发团队中通过高效的共享研发数据来提高研发效率。科研人员经常遇到的问题是要突破重重关卡来获取自己所需的不知道存放在何处的数据和信息,并时常因此导致重复的实验,造成时间和科研经费的浪费,或者在信息不全面的情况下做出不可靠的决策。而另一方面,企业高层或者单位管理人员在为科研人员寻求有效的数据访问途径时,又不得不考虑知识产权保护的问题,必须保证只有在得到授权的情况下,科研人员才能够访问他们所需的数据。
为了帮助中国制药行业的企业和科研单位解决科研信息管理方面的挑战,康昱盛信息科技有限公司基于ChemAxon灵活强大的Instant JChem(IJC)数据库技术平台,为中国制药企业和研发机构提供先进的药物研发项目管理解决方案。

应用案例:某制药公司研发部门,每年有近百个科研项目,累积了大量的化合物和生测数据。为了提高研发效率,研发部门希望建立一个中心数据库,来采集每天日常科研工作中产生的实验数据,用这些数据来支持项目管理人员对日常科研工作的监管,以及科研方向的决策。而为了保护企业的知识产权,企业高层对数据安全有非常高的要求,进入中心数据库的每个人能够访问的数据都必须根据其所属的项目进行严格的控制。

对解决方案的具体要求:
  •     首先日常实验数据的录入操作必须要十分简单,能够支持批量数据导入,以减少实验人员数据录入的工作量。
  •     其次系统管理员能够通过系统字典等方式来控制数据录入的质量和一致性,方便后续进行数据的比较分析。(例如为了避免每个用户随意自定义Assay名称导致录入Assay名称的不一致,系统管理员可以定义一个Assay名称的字典,每个用户只能从下拉菜单中选择所需的Assay,而不用自己输入Assay名称。)
  •     提供各种数据检索功能,包括化学结构检索以及复杂的组合检索,并提供多种灵活的数据显示方式,来支持从化合物库中筛选有潜力的先导化合物。
  •     严格的安全机制,能够控制每个用户的数据访问和操作范围。
  •     系统管理员对数据库结构的变动有一定的灵活性,以满足不断变动的研发数据管理需求。

解决方案:在Instant JChem 平台上建立一个支持多用户同时访问的中心化学生物数据库,并基于IJC用户访问安全机制来实现用户管理和项目管理功能。
平台上的主要角色包括:系统管理员,数据库管理人员,项目经理,实验人员。
  •     系统管理员负责管理和维护系统用户以及权限,创建项目并将项目分配给项目管理人员。
  •     数据库管理人员负责维护数据库结构(例如在数据库中添加或者修改数据表和数据字段),维护数据字典。
  •     项目经理可以为自己所负责的项目进行人员和实验工作的分配,并跟踪实验进度和项目进展。
  •     实验人员可以将自己的化学或生测实验数据录入系统,或者通过SDF文件、Excel 文件将实验数据批量导入系统。
所有用户都可以通过Instant JChem各种视图来检索及浏览自己所属项目的科研数据。

实际操作示例:

1.  系统管理员新建项目并分配给项目经理
创建项目的操作十分简单。


同时系统会自动对每个项目的相关信息做统计,例如项目的化合物数量、人员数量等。


2.  项目经理可以看到分配给自己的项目,为项目添加组员并分配实验工作。


3.  项目组员(实验人员)登录系统后可以看到自己所属的项目信息。


4.  实验人员录入或者导入化学、生测数据
化学结构可以单个绘制录入或者以SDF文件的方式导入系统,系统会自动进行化学结构查重,并生成化合物编号和批号。(化合物编号和批号可以根据企业自定义规则来自动产生。)
Instant JChem可以调用内置化学属性计算包,根据输入的化学结构自动计算LogP, LogD, Pka等各种化学属性;也可以调用Structure to Name (S2N)工具来自动生成化合物名称。
Instant JChem支持以超链接的方式链接各种文件,例如链接到谱图原始数据文件,或者Assay protocol PDF文档。用户点击超链接时可以自动调用相应的应用程序来打开文件。


生物测试数据可以通过Excel批量导入Instant JChem,系统可以对同样测试条件的重复实验进行自动合并,计算多次实验值的平均值。

如上图中,用户选中Invitro Summary表中的某条合并实验记录,Invitro Individual表格中就会显示这条合并记录所对应的所有单次实验的记录。

5.  所有项目组成员可以通过不同的视图检索、浏览所在项目的数据
用户可以根据自己的需求自行设计各种展示数据的视图。数据库管理人员也可以综合考虑一部分用户的需求,统一设计视图并共享给这些用户。
如下图是以化合物为核心,综合显示化合物相关的所有实验数据的视图。


下图是根据化合物的基本化学属性对整个化合物库的属性进行统计结果显示。


下图是以生测数据为主,可以显示相应化合物化学结构的视图。


用户可以通过化学结构在项目范围内进行检索,可支持子结构检索、相似性检索等各种结构检索方式。


用户也可以对其他类型的数据进行检索,如文本类型的Assay名称,数值类型的Assay测试结果等。检索文本类型的数据时,系统可以自动将系统中已有的值以下拉菜单的方式提供给用户进行选择。


希望更多了解Instant JChem,请参考:
http://www.cloudscientific.com/plus/view.php?aid=76
http://www.cloudscientific.com/a/chenggonganli/shiyanshixinxiguanli/yanfaxinxigua/2016/0617/219.html