咨询信息

我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
针对您的研究需求

我们为您选择最适合您的产品
上传时间:2017-03-10 17:34:00
鉴定特异表达的基因,并非差异表达那么简单

作者:Frank Staubli,Philip Zimmermann等@GENEVESTIGATOR

说明:生物体很有趣,每个人都源于一个细胞,随后细胞分裂,分裂的过程中细胞有了区别,产生了不同的细胞类型.在不同的细胞类型中,会有一些特异性表达的基因,这些基因的产物会赋予各类细胞特异的形态结构和特异的生理功能.
以往我们寻找干细胞特异性表达基因,往往只选择干细胞和正常细胞进行比较,找到的基因有可能并不只是干细胞特有的,还需要将在其他不相干的细胞类型表达基因排除.这个事情,Genevestigator可以做到。



本案例中,我们寻找在胚胎干细胞embryonic stem cell lines中特异性表达的基因.这种特异性,指的是在embryonic stem cell lines中相对高表达,而在其他组织或者细胞中all other cell lines and normal tissues (including primary cells)没有高表达的基因.

方法:



结果:

发现一:
Genevestigator软件已经收集了人类的几万例样本。通过点击几个按钮,以及对条件的限定,以胚胎干细胞为研究对象,排除了在超过1400个其他细胞系和正常组织,可以找到符合条件的50个基因探针。




找到了这些基因,发现某些胚胎干细胞特异性表达基因,从功能注释上,并没有和干细胞特性有关联。这些基因会不会与干细胞功能有潜在的关联,只是暂时没有被人发现?

发现二:
选择实验对象时,以embryonic stem cell lines为关键词作为target,以其他非干细胞为扣除背景(base)来筛选特异性基因探针前50排名。
在下图中,横轴为50个特异性表达基因,纵轴为设为target以及base的实验条件。基因在target条件中特异性高表达,会显示为蓝色。
发现这些基因在induced pluripotent cell lines,Pathological induced pluripotent cell lines也表现出了高表达。Pluripotent是多功能的意思,与干细胞功能相关,所以找到的特异性表达基因类似.



所以在本文,通过软件分析,发现了独特表达的基因,以及这些基因还可能具备的潜在价值.

延伸阅读:

Hruz T, Laule O, Szabo G, Wessendorp F, Bleuler S, Oertle L, Widmayer P, Gruissem W and P Zimmermann (2008) Genevestigator V3: a reference expression database for the meta-analysis of transcriptomes. Advances in Bioinformatics 2008, 420747
Maldonado-Saldivia J, van den Bergen J, Krouskos M, Gilchrist M, Lee C, Li R, Sinclair AH, Surani MA, Western PS (2007) Dppa2 and Dppa4 are closely linked SAP motif genes restricted to pluripotent cells and the germ line. Stem Cells. 2007 Jan;25(1):19-28

Zhu H, Shah S, Shyh-Chang N, Shinoda G, Einhorn WS, Viswanathan SR, Takeuchi A, Grasemann C, Rinn JL, Lopez MF, Hirschhorn JN, Palmert MR, Daley GQ (2010) Lin28a transgenic mice manifest size and puberty phenotypes identified in human genetic association studies. Nat Genet. 2010 Jul;42(7):626-30