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我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
针对您的研究需求

我们为您选择最适合您的产品
上传时间:2017-12-12 14:24:50
Torch是一个强大的分子设计和3D构效关系(SAR)分析的软件平台。药物化学家使用Torch去设计下一个合成的化合物,或者研究它们的构效关系。
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  • 常见问题
  • Torch是一个强大的分子设计和3D构效关系(SAR)分析的软件平台。药物化学家使用Torch去设计下一个合成的化合物,或者研究它们的构效关系。

    Torch给您提供了以下功能:

    ·通过与分子的生物活性相关联,更深入地理解其活性,更好地进行分子设计。

    ·比较同一系列或不同系列的分子,然后通过比较来激发富有想象力的设计或者设计出一个新的结构系列。

    ·给定一个活性分子的三维结构和一系列的2D化合物,Torch可以通过比较分子场为您的化合物生成最优的3D比对结果。

    ·使用Activity Miner模块,您可以快速进行复杂的构效关系分析,高亮关键的活性变化。





    选择Torch

    Torch使您能够:

    ·完美地设计新的先导化合物,探索一系列的先导优化思想

    ·通过将化合物合成顺序进行优先级排序,从而最大化地利用您的实验时间

    ·为合成或初步筛选设计化合物库

    ·查看所有设计的ADME配置文件和脱靶活性预测

    ·比较多个系列的活性和非活性化合物,从每个系列中收集最优的

    ·在下一代的设计迭代中使用这些知识,利用内置分子编辑器作为即时反馈

    ·使用来自Cresset的Forge的强大预测力的QSAR模型。

    ·用Activity Miner找到您构效关系中关键的区域。

     

     

    特性 TorchLite Torch3D Torch Forge GUI Forge CLI
    导入蛋白-配体晶体结构,从而观察有利的相互作用    
    导入10,000多个分子,并将它们转化为3D结构,因此可以同时查看2D3D结构    
    导入基于虚拟筛选的配体或蛋白结果    
    通过手动修饰结构和肉眼观察分子静电和形状特征的变化来研究同系化合物的构效关系  
    通过与一个蛋白-配体晶体结构中的已知抑制剂比较来研究不同配体的结合模式  
    用一个蛋白结构作为配体周围的排除体积  
    限制分子比较来保证特定的特征一直是匹配的    
    用详细的选项来控制实验的每一步    
    用多个参考配体来定义您的配体是如何与蛋白结合的    

     

    交叉比较多个结构,从而找到一个一致的比对结果        
    从缺乏3D信息或蛋白晶体结构出发,开发详细的结合模型        
    寻找一个药效团,能用作与其他活性分子比对的模板        
    使用Activity Miner寻找并检测3D活动悬崖    

    option

     

    Activity Miner,通过2D指纹寻找并检测活动悬崖     option
    2D3D相似性来查看您分子的层次聚类        
    用一个共有的子结构或者静电和形状特性进行比对和比较分子    
    通过利用您边画边计算得分的特征来获得您新设计分子的即时反馈      
    自动创建积极合理的新设计,并确保这些构象可以结合到您的靶点    
    自动创建积极合理的新设计,并确保这些构象可以结合到您的靶点    
    StarDrop可选模块结合不仅仅优化效能,而是预测脱靶效应   NA  
    500个分子的虚拟筛选  
    10,000个分子的虚拟筛选      
    100,000个分子的虚拟筛选        
    构建分子结合的3D模型(药效团        
    KNIME的整合

    As a

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    蛋白-蛋白相互作用        
    构建3D QSAR模型      
    根据Forge 3D QSAR模型对分子进行打分    
    使用集群资源      

     

    TorchForge新的Activity Miner模块使您能快速进行复杂的构效关系分析,高亮关键的活性变化。至关重要的是,Activity Miner给了您一个明确的活性变化的依据,并且提供了如何将这些知识利用在未来设计过程中的灵感。

     

    选择使用差异矩阵(左图),来看看所有化合物是如何进行比较,使用top pairs table去发现对您的化合物最重要的变化,使用聚类视图(只有在Forge中)查看您的化合物是如何聚类的,或者通过新的活性视图(右图)来探索一个化合物周围的构效关系。

    无论您选择哪种视图,您都可以看到活性的变化是如何反映在2D相似性上,或者您分子的3D静电环境给了您设计具有更优属性的化合物的知识。

     

    相关资源

    案例研究

    使用分子场发现更优的先导化合物:此案例研究展示了基于CCK-2拮抗剂的先导化合物优化的案例方法和验证研究。

    CCK-2研究的新的方向:一项新的技术使用了“field points”作为一个配备了XED(扩展的电子分布)电荷的分子周围静电和范德华尔斯最大值和最小值的简单而有效的描述。

    3D-QSAR生成的比对结果:使用分子相互作用场和3D-QSAR来合理化并预测CCR5拮抗剂的活性。

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