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咨询信息

我们的产品覆盖了化学信息学,生物信息学,以及实验室信息管理
针对您的研究需求

我们为您选择最适合您的产品
上传时间:2016-06-16 10:47:12
从庞大的化学数据库中,通过模拟生物体识别的方式进行虚拟筛选,仅需较少的成本,就可极大地提高您的高通量筛选命中率。
  • 产品特性
  • 产品演示
  • 常见问题


  •  Blaze通过已知配体的形状和静电特性,可以快速的从庞大的化合物数据中找到具有相似性质的化合物。比如通过一些已知的活性化合物,可以替换多肽为非肽类化合物,或者替换甾体为非甾体化合物等方法,可以极好地发现新颖的类先导活性化合物。



    使用Blaze,可以增加您的项目中先导化合物的多样性,并且使您的活性化合物的性质得到实质性的改善。



    我们已经运行了成千上百个这样的项目,取得这样的业绩令我们感到自豪。我们的客户获得活性化合物的命中率高达30%,超过80%的客户报道了他们满意的结果。请参考我们的一些案例分析(casestudies)。



                  Blaze可以在您自己的CPU或GPULinux 集群上运行。我们也为您提供了Blaze云服务(BlazeCloud),您可以通过一个安全的网站入口,使用我们Cresset的硬件来运行Blaze。您也可以选择让我们Blaze为您的项目提供解决方案,详见Cresset consulting services。









    选择Blaze

    Blaze为您提供以下帮助:

    l增加先导化合物(leads)和备选化合物(backups)的多样性

    l找到新的化学结构类型

    l提高化合物的类药性几个小时之内虚筛千万个化学结构

    l设计多样化的用于合成或生物筛选的化合物库

    l同时运行虚拟筛选和高通量实验筛选以鉴定假阴性

    l使用自定义的工作流,整合先进的3D虚拟筛选技术

    l评估一批大量的化合物的3D多样性

    l在云上使用虚拟筛选可以显著降低成本

    l可使用商用硬件执行虚拟筛选





    Blaze 云服务

    通过一个加密的网页浏览,Blaze云能够搜索数以百万的直接可以购买的化合物。它提供给您的不仅是我们Cresset所有最先进的技术,同时也会为您创造极高的价值。



    如果您有专业的计算化学知识,但是缺乏具备强大计算能力的硬件设备,请使用Blaze云,它可以针对您的每一个项目提供一种灵活的、安全的、高价值的解决方案。Blaze云具备极高的性价比,灵活性和安全性。



    如何使用Blaze云?

    当要使用Blaze云时,您可以通过自己受保护的、以Cresset为主机的网站入口进入,而且它仅在您需要的时候存在,这样确保数据的安全性。您可以在云基础架构中运行搜索您的项目,并且在您需要的任何时候访问软件来完成您的项目。

    对于您生成的活性化合物的数量我们没有限制,在我们优越的硬件条件下,这也不太可能影响绝大多数用户。实验结果在我们这可以保存长达2年,在这期间,您可以在需要的任何时候来查看结果。

    项目同样也可以在便携式集群上完成。Blaze云允许来自于KNIME的访问,这意味着您可以通过KNIME构建工作量并用BlazeCloud 用于虚拟筛选。



    免费的演示服务器

    新的Blaze云演示服务器展现了一个Blaze虚拟筛选实验的简便性。我们的演示服务器功能齐全,使用标准化的搜索步骤(standardsearch cascades)检索一小批化合物并管理这些化合物,通过这样的演示过程,可以体会到Blaze的易用性。

                  Blaze易于使用,当您需要建议或帮助时,可以查阅软件附带的完整手册,并且在每一页上都提供了帮助搜索功能。欢迎您通过网页浏览器或REST接口使用Blaze。







    产品特点

    1. 基于配体的虚拟筛选

    2. 使用Cresset’s Fields来发现新颖的活性化合物

    3. 使用高斯面相似度(pure gausian shapesimilarity)来发现新颖的活性化合物

    4. 自定义打分规则,运用分子的形状和静电特性

    5. 化合物的构象数据库已预先计算并保存好,使搜索更快捷

    6. 利用蛋白质作为排除体积来限定搜索结果

    7. 利用限制条件来确保特殊的相互作用在虚拟筛选结果中能得到保留

    8. 对于单个实验的搜索具有多次查询的功能

    9. 自动计算检索的富集度(retrieval enrichments)并绘制检索曲线

    10. 检索结果可以保存为txt、sdf、mol2、xed等格式

    11. 管理多源的化合物集合

    12. 化合物集合根据分子大小分为多个子集,可以选择搜索完整的集合、子集或者其他特定的范围

    13. 为您的项目迅速地创建自定义的子集

    14. 针对化合物的收集和搜索,拥有完全可定义的用户和项目权限系统

    15. 所有市场可得化合物的完整目录,包括最近的更新,相关权限和化合物数量的详细信息

    16. 自动管理来自不同化合物集合的重复结果,意味着您搜索的是唯一的化学结构

    17. 自动分析搜索性能

    18. 查看系统状态和日志文件

    19. Sun Grid Engine(SGE)的界面

    20. 平台负载共享设施(LSF)的界面

    21. 专有的客户---服务体系结构

    22. 实验操作设置向导------只需轻松的几次鼠标点击,就可以开始一次一千万个化合物的虚拟筛选

    23. 通过REST化的应用程序界面,启用脚本语言和并入工作流

    24. 通过命令行的界面,启用脚本语言和并入工作流

    25. 使用网页浏览器设置实验和浏览结果

    26. 运用https加密连接技术

    27.(和第22条重复了)

    28. 虚拟机作为主机,且只有在项目执行期间存在

    29. 使用尽可能多的cpu核来运行搜索

    30. 使用尽可能多的GPU资源来运行搜索

    31. 包含在Blaze站点许可中(Blaze site license)







    相关资源

    网络研讨会记录:

    使用基于云技术的虚拟筛选来发现新颖的先导化合物(Usingcloud based virtual screening to find novel leads)





    链接:

    Cresset命令行文件(Cresset command line binaries)





    发表的文章:

    Portingvirtual screening applicationsScientific Computing World, May 2013

    并行计算的转变已经允许我们使用这样的一个工作站,用4 GPU替换含40个节点的4核CPU。



    Make Way for VirtualScreening Innovations in Pharmaceutical Technology, June 2013, pp 16-19

    与高通量筛选相比,虚拟筛选被认为是一种更为优秀的评估化合物的方法。然而,明智地选择基于配体或者蛋白质的模型模板仍然很重要。



    Switching SeriesDrug Discovery and Development, February 2013

    骨架跃迁和虚拟筛选是发现新活性化合物的一种高效的方法,能推动项目的进展。





    案例研究:

    Virtualscreening with 11βHSD-1 resulting in diverse new leads:Cresset的科学家发现具有多种化学类型的新的活性结构。

    How GPUs can findyour next hit:描述了Cresset的核心的分子叠合技术(core alignmenttechnology)从Fortran到openCL的转变。



    A novel series ofnon-peptide small molecules for protein-protein interactions: 我们的Cresset顾问被要求来识别一些类药性的化学类型,模拟一系列多肽的活性。

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